俄聯(lián)邦海關(guān)署成立于2004年3月，直屬于俄聯(lián)邦政府領(lǐng)導(dǎo)。署長(zhǎng)和副署長(zhǎng)由俄聯(lián)邦政府直接任免，各地區(qū)海關(guān)局局長(zhǎng)、直屬海關(guān)關(guān)長(zhǎng)及其他海關(guān)官員的任免按聯(lián)邦海關(guān)署署長(zhǎng)確定程序辦理。

俄羅斯海關(guān)實(shí)行垂直管理體制，統(tǒng)一管理全國(guó)海關(guān)，在組織機(jī)構(gòu)上可分為四個(gè)層次：海關(guān)署、直屬地區(qū)海關(guān)局（直屬海關(guān)）、隸屬海關(guān)、海關(guān)監(jiān)管點(diǎn)。署機(jī)關(guān)內(nèi)設(shè)21個(gè)局（即組織監(jiān)督總局、信息技術(shù)總局、海關(guān)監(jiān)管總局、反走私總局、商品目錄和貿(mào)易管制總局、后勤保障總局、聯(lián)邦海關(guān)收入局、財(cái)經(jīng)總局、監(jiān)督審計(jì)局、外匯監(jiān)管局、條法局、行政事務(wù)局、干部局、社會(huì)聯(lián)系局、海關(guān)安全局、稽查局、海關(guān)合作局、海關(guān)統(tǒng)計(jì)分析局、調(diào)查局、強(qiáng)力保障局、法制局）；7個(gè)直屬地區(qū)海關(guān)局（分設(shè)在俄聯(lián)邦七大行政區(qū)中，即中央海關(guān)局、西北海關(guān)局、遠(yuǎn)東海關(guān)局、南方海關(guān)局、西伯利亞海關(guān)局、烏拉爾海關(guān)局、伏爾加河沿岸海關(guān)局），直屬海關(guān)5個(gè)（弗努科沃機(jī)場(chǎng)海關(guān)、達(dá)瑪捷多瓦機(jī)場(chǎng)海關(guān)、謝列梅捷沃機(jī)場(chǎng)海關(guān)、中央消費(fèi)稅海關(guān)、中央能源海關(guān)），直屬專業(yè)化地區(qū)海關(guān)局4個(gè)；隸屬海關(guān)127個(gè)；海關(guān)監(jiān)管點(diǎn)709個(gè)、監(jiān)管口岸446個(gè)。此外，俄海關(guān)共有8個(gè)駐外代表處（駐白俄羅斯、烏克蘭、哈薩克、吉爾吉斯、芬蘭、德國(guó)、比利時(shí)和中國(guó)），海關(guān)學(xué)院1個(gè)、分院3個(gè)（擬增至6個(gè)）。世界海關(guān)組織歐亞經(jīng)濟(jì)共同體成員國(guó)教育培訓(xùn)中心設(shè)在俄海關(guān)學(xué)院，獨(dú)聯(lián)體地區(qū)信息情報(bào)聯(lián)絡(luò)中心設(shè)在莫斯科。

俄羅斯海關(guān)現(xiàn)有關(guān)員64000余人。其中，署機(jī)關(guān)人員為1882人，1/3關(guān)員帶有關(guān)銜，2/3關(guān)員不帶關(guān)銜，按國(guó)家公務(wù)員管理。俄羅斯聯(lián)邦海關(guān)署現(xiàn)有署長(zhǎng)1人、副署長(zhǎng)5人（6位副署長(zhǎng)的編制）。現(xiàn)任署長(zhǎng)為別利亞尼諾夫。

俄羅斯海關(guān)的基本職能是：監(jiān)管、征稅、絹私、統(tǒng)計(jì)和其它海關(guān)業(yè)務(wù)。

每年10月25日是俄羅斯海關(guān)日。