知識產權辦理海關備案的程序，包括申請、審查、發證三部分。
1.申請、權利人向海關總署提出海關保護備案申請，應事先向海關領取備案申請書。權利人或其代理人應按照要求填寫申請書，并隨附有關文件，送交或寄送海關總署。
權利人提出備案申請，應按照一項權利一份申請的原則提出，即每份申請書只能就一份權利證書上的知識產權提出申請。申請書應用中文填寫，并保證交驗的申請文件真實、有效。備案申請書中應按要求填寫下列內容：
(1)權利登記注冊文件上的中英文名稱、所在國家地區、營業執照號、法定地址、法定代表人、聯系人的姓名、聯系電話、傳真;代理人的名稱、地址、執照號、法定代表人、聯系人的姓名、聯系電話、傳真等。
(2)注冊商標的名稱、注冊號碼、有效期限、核定使用的商品、專利的名稱、授權的號碼、簡要內容、有效期限;著作權的有關內容。
(3)與知識產權有關的貨物的名稱、商品編碼。 外貿知識
(4)被授權或者許可使用知識產權的人的名稱、所在地、使用方式和許可有效期限。
(5)與知識產權有關的貨物的主要特征、商標圖樣及商品外觀及包裝的照片。
(6)已知的侵權貨物的制造商、進出口商品的名稱、地址、侵權嫌疑貨物名稱、主要進出境海關等。
(7)有關商業秘密的說明。
(8)海關總署認為應當說明的其他情況。
權利人在提交申請時應當同時附送下列文件：
①知識產權權利人的身份證件的復印件，或者登記注冊證書的副本，或者經登記注冊機關認證的復制件;有代理人的提交權利人出具的授權委托書及代理人的登記注冊證書復印件;
②注冊商標的注冊證書復印件，商標局核準轉讓注冊商標的公告或者備案的商標使用許可合同復制件;或者專利證書的復印件，經專利局登記和公告的專利轉讓合同副本，專利實施許可合同副本;或者著作權權利的證明文件或者證據;
③海關總署認為需要附送的其他文件。
交驗的文件為外文的，同時提交中文譯本。
2.審查、海關總署收到全部申請文件后，對申請備案的知識產權進行審查，審查的內容，包括知識產權是否有效，是否受中國法律、法規保護，是否海關保護的范圍，申請書填寫是否符合要求，提交的隨附文件是否齊備等。
3.發證、海關總署認為應在收到全部申請文件之日起，30日內通知權利人。凡是準予備案的，向權利人頒發《知識產權海關保護備案證書》。并發給繳納備案費每件1000元的通知，通過銀行轉入海關總署的帳號。不準予備案的，應當說明理由。