1、從事進料加工貿易方式的企業據以計算模擬扣稅稅額的免稅進口料件包括兩個方面：

①從境外報關進口的免稅料件，即進口貨物報關單上的u201c貿易方式u201d欄內注明為u201c三資進料加工u201d、u201c進料對口u201d或u201c進料非對口u201d的料件：

②以轉廠的方式從境內其他外商投資企業購入的免稅料件，即進口報關單上的u201c貿易方式u201d欄內注明為u201c進料深加工u201d的料件。除上述兩種情況以外，貿易方式為u201c來料加工u201d、u201c進料余料結轉u201d、u201c進料成品退換u201d、u201c外資設備物品u201d等的進口材料均不能計作免稅進口料件計算模擬扣稅稅額。

2、從事進料加工貿易方式的企業當期申報退稅的出口貨物有多種且適用多個退稅率時，各種不同退稅率的出口貨物所占用的免稅進口料件劃分問題，可先根據《加工合同備案情況表》及其附表《出口成品表》、《進口料件表》及《成品對應料件單損耗表》進行區分，若合同劃分不清楚的，則采用'平均退稅率'方法進行計算劃分，公式為：

平均退稅率=（A退稅率貨物出口額/出口總額）×A退稅率 （B退稅率貨物出口額/出口總額）×B退稅率 （C通稅率貨物出口額/出口總額）×C退稅率

當期扣除進料稅金=當期海關核銷免稅進口料件組成計稅價格×平均退稅率

3、從事進料加工貿易方式的企業當期同時發生既有國內銷售、又有出口應稅產品和出口免稅產品三項業務時，應將免稅出口銷售耗用的免稅進口料件金額在計算模擬扣稅時予以剔除，同時對免稅出口銷售耗用的實際進項稅額也應從當期進項稅額中轉出計入產品銷售成本，具體計算公式如下：

① 免稅出口銷售應轉出的海關免稅進口料件金額=當期海關免稅進口料件金額×（免稅出口銷售額 /總出口銷售額）×100%

②計算當期免稅出口銷售應轉出的實際進項稅額=（實際發生的進項稅額 海關免稅進口料件金額×征稅稅率）×（免稅出口貨物銷售額/總銷售額）×100%-公式1×征稅稅率

4、出口貨物退（免）稅清算管理

出口企業應按規定在年終后三個月內向主管稅務機關辦理出口貨物退（免）稅清算手續。在清算工作中出口企業應按規定對上年度辦理出口貨物退（免）稅情況進行認真清算，并按規定向主管稅務機關填報有關清算報告、清算表格。

清算工作結束后，主管稅務機關應向清算企業發出清算情況通知書，并且不再受理出口企業上年度的出口貨物退（免）

5、出口貨物退運管理

出口企業將出口貨物報關實際離境后，因故發生退運情況，凡海關已簽發出口貨物報關單（退稅專用聯）的，出口企業須出具市國稅局進出口稅收管理分局簽發的《出口商品退運已補稅證明》，海關方可辦理退運手續。辦理《出口商品通運已補稅證明》的有關手續如下：

出口貨物發生退運時，出口企業應向主管稅務機關申領空白的《出口商品退運已補稅證明》（一式四份）如實填報后，持該批出口貨物報關單（退稅專用聯）原件，報送主管稅務機關審核。如退運的出口貨物已辦理退稅的，出口企業還應補繳已退稅款，憑稅款入庫繳款書（完稅證）復印件連上述資料一起報送主管稅務機關審核。主管稅務機關審核加具意見后上報市國稅局進出口稅收管理分局審批，進出口稅收管理分局對有關資料審核無誤后簽發該批出口貨物《出口商品退運已補稅證明》。