聯盟的宗旨是：第一，堅持方向引領。推動非營利性民辦高校堅持公益性辦學，堅持應用型定位，引導非營利性民辦高校按規律辦學，促進成員單位依法治校，規范管理，科學發展。第二，堅持服務導向。不斷提升人才培養質量和辦學水平，更好地服務非營利性民辦高校發展需求，服務國家高等教育發展和經濟社會發展需求，服務非營利性民辦高校師生需求。第三，堅持合作共贏。結合非營利性民辦高校改革與發展的需要，以自愿、平等、協作、創新為原則，搭建溝通和信息交流平臺，建立成員單位間長期的互惠互利和協同創新關系。
當前，我國民辦高等教育正處于改革和發展的關鍵時期。十八屆三中全會從全面深化改革這一全局出發，對教育領域綜合改革做出了系統部署，強調要發揮市場在資源配置中的決定性作用，要健全政府補貼、政府購買服務、助學貸款、基金獎勵、捐資激勵等制度，鼓勵社會力量興辦教育，為下一步深入推進民辦教育綜合改革提供了依據。當前和今后一個時期，聯盟將以十八屆三中全會為指導，重點開展以下幾個方面的工作：第一，宣傳引導。高舉公益性旗幟，在全社會大力宣傳黨和國家大力發展民辦高等教育的政策導向，宣傳非營利性辦學理念，廣泛爭取社會各界對非營利性民辦高校的關心和支持，為非營利性民辦高校改革發展營造良好氛圍。第二，交流合作。密切非營利性民辦高校之間的聯系，密切中外非營利性民辦高校之間的交流合作，分享辦學經驗，促進非營利性民辦高校在人才培養、科學研究、資源共享等方面的合作。第三，調查研究。圍繞非營利性民辦高校改革發展中面臨的重大問題，組織開展相關課題研究。第四，建言獻策。在深入調查研究的基礎上，及時就相關政策議題提出咨詢意見，推動我國非營利性民辦高等教育政策體系的完善。同時，聯盟還將積極承擔政府委托的任務。^[2]