日本的植物種類繁多。在日本本土生長著約5560種植物（4720種被子植物，40種裸子植物，800種蕨類植物）。約有1950種被子植物和裸子植物為日本本土原生植物，約占日本所有被子植物和裸子植物的35%。約有1600種被子植物和高裸子植物為日本當地的原生植物。截止到2011年11月，共有超過6萬種生物在日本生息。但是，日本森林資源豐富，森林覆蓋率占日本陸地面積的69%，是世界上森林覆蓋率最高的國家之一。^[11]

漁業資源豐富北海道和日本海是世界著名的大漁場，盛產700多種魚類。^[12]

日本自然資源貧乏，除煤炭、天然氣、硫磺等極少量礦產資源外，其他工業生產所需的主要原料、燃料等都要從海外進口。^[11]