日本建武元年(公元1334年)鐮倉幕府滅亡，出現所謂建武中興的縣花一現局面。不到二年，足利尊氏起兵，中興局面分裂為南、北朝對峙形勢。足利尊氏于北朝歷應元年(公元1338年)自任將軍開幕府于室町，是謂室町幕府。從此開始了元日貿易的第二階段，即天龍寺船貿易階段。天龍寺船為足利尊氏和足利直義兄弟所派遣，因而具有半官方性質。但是，派出這種性質的貿易船并不始于足利尊氏。早在日本正中二年(公元1325年)為建造建長寺時，鐮倉幕府首次派出給予保護的籌措建寺經費的貿易船。在幕府任命該船綱司(即船上的總負責人)時言明，不論貿易虧賺，回國后向幕府交納三千貫銅錢和一定的財物，作為建寺經費和派出保護艦隊的酬謝。（注14）元弘二年(公元1332年)，在籌措攝津住吉神社營建費時，曾派出同樣性質的住吉神社船。到日本北朝歷應四年(公元1341年)時，足利義直派出兩只天龍寺船赴元貿易，是為營造天龍寺籌措經費。由于這種半官方性質的貿易，以天龍寺船具有代表性，故名此種貿易為天龍寺船貿易。但是，應該指出，天龍寺船貿易只是這個時期具有特點的一種貿易方式，而且不是經常進行的，大量的貿易方式仍是日商貿易。

天龍寺是足利尊氏為安慰祈攘已死的后醍醐天皇修建的，同時具有為武家修建一座大禪寺，在佛教中樹立自己的勢力，與督山天臺宗分庭抗禮的意圖。日本北朝康永元年(公元1342年)秋，第一次天龍寺船出發，本應二船同發，但卻先去一只。第二年夏，該船回國。據稱：這次貿易極為順利，u201c攜珠寶財物去宋(指元朝u2014u2014引者)，買賣之利百倍u201d。（注15）按出發前的規定，該船向天龍寺交納五千貫銅錢，作為建寺經費。天龍寺于北朝歷應二年動工，因無經費進度極慢。自天龍寺船回國后，工程進度極快，于北朝康永四年(公元1345年)即行竣工。從天龍寺經費來源充足這點看，由足利直義派出的第二艘天龍寺船，無疑也赴元 貿易了。至于以后是否還派出過天龍寺船，無史實可查。但是，北朝貞治六年(公元1367年)四月，醫師但馬入道道仙(即道直)為籌措建筑療醫院，曾向幕府申請派出籌措經費貿易船，并請求以京都每棟房屋征款十文充作造船費用。（注16）該次籌措經費貿易船同樣具有天龍寺船貿易的性質。由此可見，對日本史書u201c每年為例，世稱之日天龍寺船u201d的記載，（注17）不應只理解為由天龍寺派出的貿易船。凡是u201c經幕府批準，取得它的保護前往，而在回國后得負擔一定義務的一種特殊的商船u201d，都具有天龍寺貿易船的性質，而天龍寺船不過是其中最突出的一種而已。天龍寺船和一般日商船，赴元貿易所攜帶的商品與宋日貿易時期無大變化，大體上是黃金、刀、折扇、螺鉗；梳黃、銅以及其他工藝品，從元販回的商品主要為銅錢、香藥、經卷、書籍、文房具、繪畫、禪寺用具、茶、錦、續、毛氈、瓷器、珍玩等。前已述及，元在港口設市舶司檢查管理國內外商船。元商船持有總府衙門發給的公驗公憑，上載該商船所去國家的名稱，不準隨意他往；該商船回國時只能返回啟航之港，接受市舶司的檢查和抽分，其后始準與商入交易。外國入港商船大體同元商船，由

元市舶司發給公驗公憑，并由該國官署在公驗公憑上添寫商人姓名貨物數量、重量等，市舶司按公驗公憑所注明的商品數量，點u2014檢和抽分。這些手續辦完之后，限于四個月內售完。抽分稅率，大體上細貨十之一，粗貨十五之一，抽分的規定按時代不同略有變化。

由于日商船已出現過焚掠鬧事問題，所以元市舶司對其防范較嚴。日商船進港后，須立即將本船綱司以下各種人員的名單及所攜帶物品呈報市舶司以備檢查，所帶武器必須繳于市舶司，待貨物售完回國起錨時發回。商船不經檢查，不得擅自開航以及進行非法秘密貿易。如有違犯，人受杖刑，貨物沒收入官，告發者，可得所沒收貨物的三分之一。元對日商貿易的限制，中后期較嚴，但由于日商赴元貿易獲利極厚，因此，赴元商船未曾減少。