SPS協議強調，檢疫的保護水平應是恰當的，并通過風險評估來確定。要求各締約方所采取的檢疫措施應建立在風險評估基礎上，應考慮到對動植物生命或健康的風險性，對環境的針對性，也可參考有關國際組織新開發的風險評估技術。
　　在風險評估中，要獲得生物學方面的科學依據，如：某些病蟲害流行，病蟲害非疫區的存在，有關的生態和環境條件；還包括有關檢驗、抽樣和測試方法，以及檢疫或其他處理方法。
　　在風險評估中，可考慮的經濟因素：由于病蟲害的傳入、定居或傳播，對生產或銷售造成損失的潛在損害；在進口成員國領土上控制或根除病蟲害的成本；以及采用其他方法來控制風險的有關實際開支。
　　SPS措施強調，如一成員的檢疫措施的科學依據不足，這些檢疫措施只能是暫時的，應收集更準確的資料作PRA。