國家出入境檢驗檢疫局于1998年在國務(wù)院機構(gòu)改革中組建。
　　國務(wù)院在關(guān)于國家出入境檢驗檢疫局職能配置、內(nèi)設(shè)機構(gòu)和人員編制規(guī)定中明確規(guī)定：
　　①將原由衛(wèi)生部承擔的國境衛(wèi)生檢疫、進口食品衛(wèi)生監(jiān)督檢驗的職能，交給國家出入境檢驗檢疫局。
　　②將原由農(nóng)業(yè)部承擔的進出境動植物檢疫的職能，交給國家出入境檢驗檢疫局。
　　③將原國家進出口商品檢驗局承擔的進出口商品檢驗、鑒定和監(jiān)管的職能，交給國家出入境檢驗檢疫局。
　　新組建的國家出入境檢驗檢疫局是主管出入境衛(wèi)生檢疫、動植物檢疫和商品檢驗的行政執(zhí)法機構(gòu)。其主要職責任務(wù)是：
　　（1）研究擬定有關(guān)出入境衛(wèi)生檢疫、動植物檢疫及進出口商品檢驗法律、法規(guī)和政策規(guī)定的實施細則、辦法及工作規(guī)程，督促檢查出入境檢驗檢疫機構(gòu)貫徹執(zhí)行。
　　（2）組織實施出入境檢驗檢疫、鑒定和監(jiān)督管理；負責國家實行進口許可制度的民用商品入境驗證管理；組織進出口商品檢驗檢疫的前期監(jiān)督和后續(xù)管理。
　　（3）組織實施出入境衛(wèi)生檢疫、傳染病監(jiān)測和衛(wèi)生監(jiān)督；組織實施出入境動植物檢疫和監(jiān)督管理；負責進出口食品衛(wèi)生、質(zhì)量的檢驗、監(jiān)督和管理工作。
　　（4）組織實施進出口商品法定檢驗；組織管理進出口商品鑒定和外商投資財產(chǎn)鑒定；審查批準法定檢驗商品的免驗和組織辦理復驗。
　　（5）組織對進出口食品及其生產(chǎn)單位的衛(wèi)生7711第二十五章出入境檢驗檢疫基礎(chǔ)知識注冊登記及對外注冊管理；管理出入境檢驗檢疫標志、進口安全質(zhì)量許可、出口質(zhì)量許可并負責監(jiān)督檢查；管理和組織實施與進出口有關(guān)的質(zhì)量認證認可工作。
　　（6）負責涉外檢驗檢疫和鑒定機構(gòu)（含中外合資、合作的檢驗、鑒定機構(gòu)）的審核認可并依法進行監(jiān)督。
　　（7）負責商品普惠制原產(chǎn)地證和一般原產(chǎn)地證的簽證管理。
　　（8）負責管理出入境檢驗檢疫業(yè)務(wù)的統(tǒng)計工作和國外疫情的收集、分析、整理，提供信息指導和咨詢服務(wù)。
　　（9）擬定出入境檢驗檢疫科技發(fā)展規(guī)劃；組織有關(guān)科研和技術(shù)引進工作；收集和提供檢驗檢疫技術(shù)情報。
　　（10）垂直管理出入境檢驗檢疫機構(gòu)。
　　（11）開展有關(guān)的國際合作與技術(shù)交流，按規(guī)定承擔技術(shù)性貿(mào)易壁壘和檢疫協(xié)議的實施工作，執(zhí)行有關(guān)協(xié)議。