集裝箱碼頭的中轉箱主要包括國內和國際兩種中轉箱。國內中轉箱指在境外裝貨港裝船后，經國內中轉卸船后轉運到境內其它港口的集裝箱，以及在國內裝貨港已辦理結關手續，船公司出具全程提單，經國內中轉港轉運至國外目的港的集裝箱。 
     
    國際中轉箱是指由境外啟運，經中轉港換裝國際航線船舶后，繼續運往第三國或地區指運口岸的集裝箱。 碼頭設有專職中轉業務員，負責碼頭內中轉箱的箱務管理，掌握中轉箱的動態，做好中轉箱單證資料的流轉管理工作。 
     
    一、一程船卸船 國際海運運輸中的“一程船”，即是指對某一中轉箱而言，將該箱從起運港載運至中轉港的船舶。碼頭配載計劃員在收到船公司資料后，將其中的中轉資料交中轉業務員處理。中轉業務員將中轉資料輸入電腦。在船舶卸船后，應將中轉資料與實卸情況進行核對，發現問題立即通知有關方面協調解決。如在卸船后代理要求更改、補充中轉信息，中轉業務員在收到代理的工作聯系單后，應及時在電腦中更正有關信息。對于一程船卸船后超過 14 天還沒有出運的中轉箱，碼頭中轉業務員要主動與代理聯系，及時安排二程船轉運。 

    二、二程船裝船 國際海運運輸中的“二程船”，即是指對某一中轉箱而言，將該箱從中轉港載運至目的港的船舶。碼頭中轉業務員收到中轉通知書后，將中轉通知書（需有海關放行章）連同外區拖進本碼頭的中轉箱的動態表一起交配載員處理。在裝船結束后，中轉業務員將經由配載員注明中轉箱實際裝箱情況和卸船時間的中轉通知書與已裝船的動態表等單證一起交費收部門。外區拖進本碼頭的中轉箱因故未能裝上船的，中轉業務員要妥善保管好動態表，以備使用。 報關員考試
     
    三、中轉箱跨區拖運 如果中轉箱一程船卸船與二程船裝船不在同一碼頭，則在卸船后，該中轉箱必須跨區拖運。 拖出地碼頭的中轉業務員在安排出場計劃的同時開具中轉動態表（一式三聯），附在作業申請單上交出場檢查口。司機拖箱時與檢查口文員辦理設備交接，檢查口文員自留動態表一聯，附在出場報表上交費收部門，其余交司機。 在拖進地碼頭，檢查口業務員和司機辦理設備交接，同時收下兩聯動態表，一聯交中轉業務員，另一聯附在進場報表上交費收部門。其后的工作與卸船進場的中轉箱作業類同。 
     
    四、危險品中轉箱轉存 凡不宜在碼頭堆存的危險品中轉箱，碼頭中轉業務員應嚴格把關， 及時通知代理安排轉運，確保碼頭生產的安全。轉運前，代理應提供相關工作聯系單，并注明費用結算方式。危險品中轉箱出場，中轉業務員填寫作業申請單和動態表（一式三聯）交檢查口。檢查口自留一聯附在出場報表上交費收部門，其余交司機。司機進場將動態表交堆場業務員，堆場業務員保留以備日后進場之用。作業結束后，中轉業務員將工作聯系單交費收部門。 
     
    五、中轉箱港口的更改 國內中轉箱港口的更改主要有兩種情況：本港貨改為中轉箱；中轉箱改為本港貨。代理必須向碼頭操作部提供的及時通知書（需經海關確認蓋章）和改港后的艙單各一份。但改港通知書和改港后的艙單提供的及時于否，將涉及到費用的結算。如碼頭在一程船卸船前收到這些單證，則客戶無須附加額外的費用（改港通知書中必須注明費用的結算方法）。中轉業務員必須及時更改相關信息，并安排轉至相應的箱區，同時將改港通知書交碼頭費收作為費用結算的憑證。 
     
    六、中轉箱倒箱 國際中轉箱如因箱體損壞、用錯箱等原因需要倒箱的，船代理應出具聯聯系單給碼頭和海關（注明費用結算方法）。如在碼頭外倒箱，碼頭應根據海關許可證，安排出場計劃和進場計劃：如在碼頭內倒箱，則在倒箱時，要有海關、船代理、理貨員在場 , 倒箱結束后，由海關加鉛封。