海關行政復議決定一般分為決定維持原具體行政行為，決定被申請人履行法定職責，決定撤銷或者確認該具體行政行為違法，決定變更原具體行政行為等四種情形。除此之外，《中華人民共和國海關行政復議辦法》（以下簡稱“《復議辦法》”）還規定了其他的情形。
一、決定駁回行政復議申請
行政復議機關決定駁回行政復議申請是《中華人民共和國行政復議法實施條例》新增加的內容。決定駁回行政復議申請有兩種情形：
申請人認為海關不履行法定職責而申請行政復議，海關行政復議機關受理后發現被申請人沒有相應法定職責或者被申請人在海關行政復議機關受理該行政復議申請之前已經履行法定職責的。
在該情況下，海關沒有相應法定職責或者在行政復議機關受理行政復議案件前已經履行了法定職責，說明申請人認為海關不履行法定職責的情形已不存在，只有駁回申請人的行政復議申請，終結行政復議程序，才是適當的處理方式。比如，某申請人對特定減免稅政策有異議，認為該政策不符合國家有關規定，導致其進口設備不能享受減免稅待遇。為此該申請人向海關復議機關提出行政復議。海關復議機關受理后發現，該復議申請所涉及的內容應當由國家發改委來作出解釋，不是海關的法定職權，于是海關行政復議機關作出駁回該復議申請的復議決定。
需要注意的是，“海關已經履行法定職責”，是指在海關復議機關受理行政復議申請前，海關已經履行法定職責。如果是海關復議機關受理行政復議申請后，海關才履行法定職責，那么，除非申請人撤回行政復議申請，否則不影響行政復議案件的審查。比如，某申請人對海關緝私部門查處的案件遲遲不作出行政處罰決定有意見，向海關復議機關提出復議申請，海關復議機關予以受理。被申請人海關緝私部門知曉后，為避免激化矛盾，匆匆做出行政處罰決定。此種情況即不能視作海關復議機關受理行政復議申請前已經履行法定職責。
行政復議申請受理后，行政復議機關發現該行政復議申請不符合《復議辦法》規定的受理條件。
對于行政復議受理的條件和范圍，《中華人民共和國行政復議法》等都做了明確規定。如果海關復議機關在受理前發現該申請不符合受理條件，可以作出不予受理的決定；如果海關復議機關在受理后發現該申請不符合受理條件的，就要作出駁回復議申請的決定。
海關復議機關作出駁回申請人復議申請決定，意味著行政復議程序的終結，對申請人權益有直接影響。為了切實保護申請人的合法權益，需要對該權力予以有效監督。《復議辦法》規定，海關行政復議機關的上一級海關如果認為該復議機關駁回行政復議申請的理由不成立，應當責令其恢復審理，同時要制作《責令恢復行政復議審理通知書》。因此，海關復議機關在制作《駁回行政復議申請決定書》時就要告知申請人，如果對駁回復議申請決定不服的，可以根據《行政訴訟法》有關規定，自收到《駁回行政復議申請決定書》之日起15日內向人民法院起訴。
二、申請人自愿撤回行政復議申請
《復議辦法》規定，申請人在行政復議決定做出前自愿撤回行政復議申請的，經海關行政復議機關同意，可以撤回。申請人自愿撤回復議申請，需要注意幾個環節：
（一）自愿撤回的時間
申請人自愿撤回復議申請不是在任何時間都可以提出的，需要注意兩個時間點，一是要在海關復議機關正式受理該復議申請之后。申請人在收到海關復議機關的復議案件受理通知書以后，可以隨時提出撤回復議的申請。二是申請人撤回復議申請要在海關復議機關作出行政復議決定之前。海關作出行政復議決定的標志是，海關復議機關作出維持、撤銷、決定履行、變更等復議決定，并將行政復議決定書送達申請人。如果只是作出了復議決定，并制作了復議決定書，但是還沒有送達，也不能稱其為作出復議決定，申請人在這種情況下提出撤回復議決定，原則上應當允許。
（二）“一事不再理”
申請人撤回復議申請后不得再以同一事實理由提出復議申請。由于申請人撤回復議申請是自愿的，完全是出于自身的考慮和自覺的行為，因此從基本的誠信原則出發，也是不允許其出爾反爾的。
但是，如果申請人再次提出復議申請的事實和理由有所變化，海關復議機關應當允許。比如，某申請人因對海關估價告知書確定的價格不服向海關復議機關提出復議申請，隨后在海關受理后、作出復議決定前又撤回了該復議申請，其撤回復議申請的理由是海關做出了征稅決定。隨后，申請人又向海關提出了對征稅決定不服的復議申請。該申請人的兩個復議申請是針對海關兩個不同的具體行政行為而提出的，因此，海關復議機關應當接受其第二次復議申請。
（三）被申請人主動改變原具體行政行為

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