一、進口

日本90%以上的進口申報手續已實現信息化。

（一）進口申報

根據日本《海關法》第六十七條至七十二條，申報時，必須提交進口報關單，申報貨物數量、價格及其他必要信息。

一般來說，必須在貨物進入海關監管區或其他海關指定區域后申報。但對于一些經日本財務省關稅局局長批準的特殊物品，在未卸貨或未進入堆場前也可申報。

（二）報關人

進口貨物一般應由進口該貨物的人員或其代理人申報，通常做法是由報關行作為進口商的代理進行申報。

（三）單證要求

根據日本《海關法》第六十八條的規定，進口申報時需提交以下單證和文件：

- 進口（征收關稅）報關單（海關C-5020表格），一式三份；

- 發票

- 海運提單或空運單

- 原產地證書（適用WTO稅率時提供）

- 普惠制原產地證書（表A）（適用優惠稅率時提供）

- 裝箱清單、運費清單、保險憑證等（必要時提供）

- 《海關法》以外的其他法律法規要求提供的許可證、證書等（進口限制類貨物時提供）

- 關于關稅和特別消費稅減免稅的詳細說明（適用減免稅時提供）

- 關稅繳納憑證（貨物需要課征關稅時提供）

原則上，上述需額外提供的單證和文件，海關僅在其對確定是否給予入境許可具有重要參考意義時方要求提供。限制類物品必須提供進口許可文件。

二、出口

出口貨物在出口前必須存放在海關監管區或海關指定的其他存放區域。出口商或其代理人必須向日本財務省關稅局申報貨物數量、價格及其他必要信息。

（一）出口申報

出口商或其代理人須提交出口報關單，申報出口貨物的性質、數量、價格等信息，并隨附發票和其他單證，如批文、許可證等。海關會將出口報關單和發票等隨附單證進行比對，確認歸類是否正確，是否已取得相關出口批文或許可證，貨物是否享受減免稅，是否需對貨物進行查驗等。

出口申報時，出口商應提交兩份出口報告，一份用于進行貿易統計，另一份由海關留存，用于將來進行出口認證，等等。

（二）單證要求

出口申報時應提交以下單證和文件：

- 出口報關單（海關C-5010表格）

- 發票

- 其他單證和文件：認證書，許可證，批文等。

（三）查驗

原則上，海關查驗均在海關查驗區進行。如貨物無法移至查驗區，則在貨物存放區進行查驗。

（四）放行

如查驗后單貨相符，則貨物可以放行。