由于關稅與貿易總協定不是一個正式的國際組織，這使它在體制上和規則上有著多方面的局限性。

1．總協定的有些規則缺乏法律約束，也無必要的檢查和監督手段。例如，規定一國以低于u201c正常價值u201d的辦法，將產品輸入另一國市場并給其工業造成u201c實質性損害和實質性威脅u201d就是傾銷。而u201c正常價值u201d、u201c實質性損害和實質性威脅u201d難以界定和量化，這很容易被一些國家加以歪曲和用來征收反傾銷稅。

2．總協定中存在著u201c灰色區域u201d，致使許多規則難以很好地落實。所謂u201c灰色區域u201d是指締約國為繞開總協定的某些規定，所采取的在總協定法律規則和規定的邊緣或之外的歧視性貿易政策措施。這種u201c灰色區域u201d的存在，損害了關貿總協定的權威性。

3．總協定的條款中對不同的社會經濟制度帶有歧視色彩。例如，對u201c中央計劃經濟國家u201d進入關貿總協定設置了較多的障礙。

4．總協定解決爭端的機制不夠健全。雖然關貿總協定為解決國際商業爭端建立了一套制度，但由于總協定解決爭端的手段主要是調解，缺乏強制性，容易使爭端久拖不決。

5．允許紡織品配額和農產品補貼長期存在，損害了總協定的自由貿易原則。

正是由于關稅與貿易總協定的上述種種局限性，使這個臨時性準國際貿易組織最終被世界貿易組織（WTO）所取代。