根據上述職責，區對外貿易經濟合作局（區人民政府口岸辦公室）設7個內設機構：

（一）辦公室。

負責文電、會務、機要、檔案等機關日常工作；承擔財務管理、信息、安全、保密、新聞宣傳、政務公開等工作；組織研究分析外經貿發展趨勢和重大問題，提出相關政策建議；負責會同有關部門落實涉及外經貿的外匯、稅收、金融、價格、保險等政策，會同有關部門管理專項資金；指導外經貿行業的財務管理工作；參與各項外貿促進；協調大通關相關工作。

（二）人事法規股（區進出口公平貿易局）。

負責機關的人事管理、機構編制、勞動工資、教育培訓、計劃生育、離退休人員服務、信訪、普法等工作；負責機關的黨群、紀檢工作；參與擬訂外經貿有關政策和管理辦法；承辦有關行政復議和行政應訴工作；負責反傾銷、反補貼、反壟斷、保障措施及其他進出口公平貿易相關工作，依法組織產業損害調查及其他貿易救濟措施，建立產業損害預警機制，維護產業安全；參與申報國際商務職業資格相關工作。

（三）對外貿易管理股。

負責編報和組織實施外貿發展戰略、中長期發展規劃和外貿年度指導性計劃；會同有關部門貫徹落實涉及外經貿的外匯政策，監測、分析對外貿易宏觀運行情況；牽頭擬訂國際（境外）市場開拓規劃；推廣電子商務等新型貿易方式；承擔協調促進外向型民營企業發展的相關工作；組織、指導和監督境內對外經貿交易會、展覽會以及赴國（境）外舉辦展銷會、洽談會等活動；牽頭擬訂服務貿易進出口發展規劃、政策并組織實施；承擔服務貿易進出口管理工作；擬訂并組織實施有關對外經濟和對外援助的發展規劃，依法管理和監督境外投資、對外承包工程、對外勞務合作和設計咨詢等對外經濟合作業務；依法核報境外非企業經濟組織在本區設立的常駐代表機構和區內企業對外投資開辦企業（金融企業除外）、對外經濟合作企業經營資格；承辦外派勞務和境外就業人員權益保護工作；指導開展對外援助業務，監督本區承擔的對外援助項目實施工作；組織實施進出口商品目錄；負責進出口企業經營資格及國際貨運代理資格備案管理工作；依法核報企業申請限制類商品進出口經營資質；組織實施重要工業品、原材料和重要農產品（除糧食、棉花外）進出口計劃以及進出口商品配額計劃；根據授權辦理有關進出口許可證事項；協調供應港澳的配額商品工作；組織實施進出口機電產品和成套設備招標等管理辦法并負責監督、協調；組織實施科技興貿戰略和國際品牌建設；承擔技術進出口登記管理工作；協調促進高新技術和自主品牌企業開拓國際市場；組織落實優化高新技術產品進出口結構等相關工作。

（四）外資管理股（區招商局）。

負責協調和指導本區招商引資、投資促進工作；參與制定本區促進外商投資規劃和改善投資環境的政策措施；擬訂本區招商引資計劃，組織實施重大項目對外招商；負責與境外投資促進機構聯系交流；綜合協調和指導各鎮（街、區）經濟園區的招商工作。

參與制定本區外商投資的發展戰略、中長期規劃，擬訂年度指導計劃并組織實施；參與擬訂外商投資政策和管理規章；會同有關部門擬訂并組織實施服務外包發展規劃和政策；按照權限和規定辦理外商投資企業的設立和變更；依照有關規定核準或核報外商投資項目合同章程及法律特別規定的重大變更事項；核發外商投資企業、港澳臺投資企業批準證書及授權辦理的鼓勵類外商投資項目確認證書；依法監督檢查外商投資企業執行法律法規和合同、章程的情況并協調解決有關問題；承擔外商投資和外貿進出口統計工作。

（五）加工貿易股。

負責外商投資企業的服務工作；宏觀管理加工貿易工作；負責核準區管權限的加工貿易業務；指導、管理外商投資企業與加工貿易企業的進出口工作；編報和組織實施外商投資企業和加工貿易企業涉及國家實行配額、許可證管理的進出口商品計劃；承擔加工貿易統計工作；綜合協調和指導保稅區、保稅港區、保稅物流園區和出口加工區等各類海關特殊監管區域的規劃、招商和管理工作。

（六）對外貿易促進股（中國國際貿易促進委員會江門市新會區支會）。

負責對外貿易促進工作；組織出訪和接待來訪等對外聯絡工作；提供境外展覽、考察、外經貿信息咨詢、企業培訓等服務；負責簽發出口商品原產地證明書，認證外貿單據及文件；代理外國領事館認證、ATA單證冊（貨物暫準進口單證冊）、外國人入境邀請函；代理涉外和涉臺經濟貿易、海事糾紛的調解、仲裁業務；組織協調有關部門對外商投資企業進行聯合年檢；負責易制毒化學品的進出口管理；核報外商投資企業粵港澳入出境汽車批準文件及變更、延期工作；會同有關部門處理涉外知識產權和貿易糾紛；承擔協調牽頭整頓和規范外經貿市場秩序的相關工作；負責外經貿信息服務體系、外經貿電子政務的建設推廣；負責外經貿信息的收集、整理、綜合和服務；指導外經貿行業商會、協會的工作。

（七）口岸管理股。

擬訂口岸發展規劃；檢查、督促口岸配套設施的建設；承擔各類口岸的開設、關閉及整調的核報；協調口岸各單位的工作關系；推進實施口岸查驗方法、監管模式改革；承辦對港澳口岸合作事宜；依法實施本區沿海設立挖砂采石出口作業點及港澳籍船舶進出本區沿海挖砂采石作業點作業的核報；牽頭組織共建文明口岸等活動。