第一階段：起步營運階段(1993－1994年)

本階段的主要任務是： 完成全區海關隔離設施及u201c七通一平u201d基礎設施建設，部分倉庫、寫字樓、商品貿易展示街、 臨時碼頭等公用及商用建筑物建成并投入使用，形成高標準的投資經營環境； 倉儲區及金融貿易區的建設全面鋪開；打通國內外招商渠道，大規模進行項目引進； 主要政策落實到位，內外部體制關系基本理順；建立一個集中、精簡、高效、廉潔的行政管理體系； 服務體系基本形成，為全區提供全面優質服務。

第二階段：功能發揮階段(1995－1996年)

本階段的主要任務是：繼續完成部分倉庫、 寫字樓的建設，使大部分規劃建設項目竣工；重點發揮國際貿易功能、商品櫥窗功能， 使之形成廣州保稅區的重要特色；其它各項功能開始發揮，形成基本架構；汽車、 生產資料、高檔日用品、電子產品、金銀首飾等一批有形專業市場建成營運，并具備國際化、 規范化的管理水平；管理機構的運作趨于成熟，主要政策以立法形式加以確定。

第三階段：功能完善階段(1997－　)

本階段的主要任務是完善各項功能，使保稅區整體功能得以發揮； 以組合方式擴大保稅區地域面積。這個階段，全區一片繁榮，內外客商云集， 貨物集散規模大，經濟效益顯著， 一個高度開放的符合國際標準的綜合性自由貿易區崛起在黃埔港區，構成廣州國際化大都市的一個重要組成部分， 成為廣州經濟國際化的重要標志之一。