南京市商務局是市政府工作部門。根據《中共江蘇省委、江蘇省人民政府關于印發〈南京市人民政府機構改革方案〉的通知》（蘇委〔2010〕63號）和《中共南京市委、南京市人民政府關于南京市人民政府機構改革的實施意見》（寧委〔2010〕43號）設立的，掛市糧食局牌子，承擔推進內外貿融合以及現代服務業發展的責任。中共南京市委商務工作委員會（以下簡稱市委商務工委）為市委派出機構，與市商務局合署辦公。