根據上述職責，六安市商務局設7個內設機構：

（一）辦公室（政策法規科）

綜合協調機關政務工作，負責機關日常事務和后勤管理，負責機關文電、會務、機要、檔案工作，承擔安全保密、來信來訪、政務公開等工作，起草機關有關重要文稿；負責機關和直屬單位機構編制、人事管理和教育培訓等工作；承擔機關離退休人員的服務管理工作，指導直屬單位離退休人員的服務管理工作；協調指導有關協會、學會工作；指導商務信息公共服務體系建設，承擔機關電子政務有關工作。

研究經濟全球化、區域經濟合作、現代市場體系和現代流通方式的發展趨勢并提出對策建議；擬訂國內外貿易和國際經濟合作的發展戰略、規劃；監測分析商務運行狀況，研究商務運行和結構調整中的重大問題，提出相關政策建議；承擔有關信息發布工作；承擔機關規范性文件的合法性審核；承擔機關行政復議和行政訴訟工作；負責商務對外宣傳工作。

（二）商貿服務科（市場體系建設科）

組織擬訂健全規范市場體系的政策；協調打破市場壟斷、行業壟斷和地區封鎖的有關工作；推進流通標準化；牽頭組織規范零售企業促銷行為；指導大宗產品批發市場規劃和城市商業網點規劃、商業體系建設；推進農村市場和農產品流通體系建設；按有關規定對拍賣、典當、租賃、汽車流通和舊貨流通行業等進行監督管理。

承擔商貿服務業（含餐飲業、住宿業）的行業管理工作；推動流通體制改革和連鎖經營、商業特許經營、物流配送等現代流通方式的發展；指導社區商業發展、流通領域節能降耗工作，提出促進商貿中小企業發展的政策建議；組織實施國家、省和市安排的有關流通領域重大投資項目，推廣先進流通技術；按照有關規定對成品油流通進行監督管理；指導再生資源回收工作。

（三）規劃財務科

研究提出與商務工作相關的財稅、金融、價格等政策建議；承擔廳歸口的各項業務資金、專項基金等使用和管理工作，編報預決算；承擔機關財務管理、國有資產管理工作。

協助局黨委抓好機關黨風和廉政建設，加強黨風黨紀教育，增強黨員及干部拒腐防變的能力，抵制和糾正不正之風。檢查和處理黨組織、黨員違反黨章、黨紀的違紀案件；按職權范圍批準對黨員的黨紀處分。受理對監察對象貪污、受賄、弄權瀆職、以權謀私等違反政紀問題的檢舉和控告。

（四）外貿科

指導各類對外貿易交易會、洽談會等貿易促進活動，推進外貿促進體系的建設，負責進出口孵化促進工作；監督指導對外貿易經營者備案登記工作；擬訂外向產業發展規劃；擬訂促進外貿基地建設的政策措施，推動出口產品國際認證和商標注冊，指導出口品牌建設。

執行國家進出口商品管理辦法和目錄；承擔重要工業品、原材料和重要農產品進出口總量計劃的組織實施工作；組織管理進出口商品配額、關稅配額；執行進出口商品配額招標政策；擬訂有關加工貿易促進政策。

牽頭擬訂服務貿易發展規劃；擬訂技術貿易政策和促進服務出口規劃、政策并組織實施；承擔技術進出口管理、服務貿易促進和服務貿易統計工作；會同有關方面擬訂并組織實施促進服務外包發展的規劃、政策，推動服務外包平臺建設。

承擔進出口公平貿易的相關工作；指導協調對我市出口商品的反傾銷、反補貼和保障措施的應訴及相關工作；指導協調產業安全應對工作；承擔涉及世界貿易組織相關事務的研究、指導和服務工作。

擬訂全市運用電子商務開拓國外市場的相關政策措施，執行國家對外貿易領域電子商務相關標準和規則；負責進出口預警體系建設。

（五）外資外經科

研究外商投資情況，指導外商投資工作；擬訂和實施利用外資政策，參與擬訂外商投資的中長期發展規劃和省外商投資產業指導目錄；指導和管理外商投資企業審批工作；依法核準權限范圍內的外商投資項目合同、章程及法律特別規定的重大變更，審核限額以上、限制投資和涉及配額、許可證管理的外商投資企業的設立及其變更；監督檢查外商投資企業執行有關法律、法規及合同、章程的情況并協調解決有關問題；指導和管理外商投資促進、外商投資企業進出口工作；規范對外招商引資活動；承擔外商投資統計工作。

承辦綜合協調和指導經濟技術開發區的有關工作；參與擬訂經濟技術開發區的發展戰略和政策措施；指導和促進經濟技術開發區招商引資和進出口貿易工作；負責經濟技術開發區的動態管理和考核等工作。

擬訂對外經濟合作有關政策和規章制度；依法管理和監督對外投資、對外承包工程、對外勞務合作和設計咨詢等對外經濟合作業務；組織、指導外派勞務人員的綜合培訓；開展對外經濟多雙邊交流與合作，指導重大對外經濟合作項目的實施；承擔外派勞務和境外就業人員的權益保護相關工作；審核市內企業在境外投資開辦企業（金融企業除外）、對外經濟合作企業經營資格；審核各類援外項目實施企業的投標資格，指導援外項目的實施；管理本市接受多雙邊和有關國際民間機構的無償援助項目及相關的業務；承擔對外直接投資、對外承包工程和勞務合作統計工作。

（六）市場運行調節科（市繭絲綢協調辦公室）

監測分析市場運行、商品供求狀況，負責市場運行和商品供求監測體系建設。調查分析商品價格信息，進行預測預警和信息引導；承擔建立健全生活必需品市場供應應急管理機制相關工作；承擔重要消費品儲備（肉類、食糖、小包裝食品等）管理和市場調控的有關工作；承擔繭絲綢協調工作。

承擔牽頭協調整頓和規范市場經濟秩序的相關工作；推動商務領域信用建設，指導商業信用銷售，建立市場誠信公共服務平臺；參與組織打擊侵犯知識產權、商業欺詐等工作。

擬訂全市運用電子商務開拓國內市場的相關政策措施，執行國家國內貿易領域電子商務相關標準和規則。

（七）行政審批科

履行法律賦予市商務局的行政審批相關事項；對行政許可行為進行監督管理；負責有關法律、法規宣傳、服務及業務咨詢。