根據上述職責，南安市對外貿易經濟合作局設4個內設機構：

（一）人秘科

綜合協調局機關及直屬單位工作，督促重大事項的落實；負責機關及直屬單位機構編制、人事勞動、老干部管理工作，負責重要會議的組織及會議決定事項和市委、市政府督辦件和人大、政協建議、提案的督辦與反饋；負責局機關文電、政務信息、機要、保密、信訪、檔案、接待、車輛管理、安全生產和效能建設等工作；承擔政務信息、政府信息公開、辦公自動化等工作；負責局機關財務工作、國有資產管理、政府采購和其他行政后勤工作。

（二）行政審核審批科（外資促進管理科）

指導和管理全市招商引資和投資促進工作；參與擬訂全市吸收外商投資的中長期發展規劃和年度計劃，貫徹執行《外商投資產業指導目錄》；負責外資管理相關工作，協調解決有關問題；配合有關部門組織全市外商投資企業的聯合年檢工作，負責編制并組織實施全市招商引資方案，組織承辦全市性重大招商活動；對重大招商項目進行跟蹤和促進；負責外資統計工作；協調指導全市外商投資的咨詢服務工作；負責指導管理全市對臺港澳投資促進工作，協調處理有關重大問題；承擔國際服務貿易促進工作；推動服務外包發展和平臺建設；與境外國際投資機構、商協會建立投資促進合作關系；承擔市外資領導小組日常工作。

（三）對外貿易科

指導和管理全市對外貿易工作，參與擬訂全市外貿中長期發展規劃和年度計劃；承擔協調我市有關進出口公平貿易的具體工作，建立進出口公平貿易預警機制；依法負責國際貿易摩擦應對，指導、協調外國對我市出口商品的反傾銷、反補貼、保障措施和特殊保障措施的應訴及相關工作；負責我市舉辦或參與的境內外國際性展覽會等貿易促進有關工作，組織實施我市出口品牌體系建設，協調指導企業開拓國際市場；負責管理全市加工貿易，研究擬訂全市對外加工裝配發展規劃和年度計劃；負責市直單位對外加工裝配合同的審批；指導協調管理全市對外加工裝配業務；負責管理全市服務貿易，擬訂全市服務貿易發展規劃與年度計劃，推動服務外包發展和平臺建設。

（四）國外經濟合作科

協調全市國外經濟合作工作；參與我市對外投資業務及對外投資統計分析工作；負責管理全市對外勞務合作、對外承包工程工作；協調管理境外投資企業；協調對臺港澳經貿工作；協調管理全市接受國際多雙邊援助工作和對外經濟援助項目的實施工作。依法承擔對外勞務合作、境外就業、對外承包工程和對外援助的權益保護和監督管理工作，參與我市對外投資各項統計與分析，服務和管理我市對外勞務派出機構，參與協調處理有關境外勞務、就業的突發事件。