B2B 網站結構看起來簡單，無非是供應信息、求購信息、產品庫、企業庫等主要欄目，以及每個欄目下對不同行業、不同產品類別的分類，將相應的信息發布到相應的分類中。但實際上，B2B 網站分類方法對于網站的整體優化狀況是至關重要的，因分類目錄不合理將造成用戶難以獲取網站信息、搜索引擎忽略二級欄目及二級欄目中的信息，以及網站 PR 值低等綜合問題。

隨著供求信息發布量的增加，大量新發布的信息在不斷滾動更新，但很多新的信息還未等到搜索引擎收錄就已經滾動到多層次目錄之下，而由于網站結構層次設計不合理的原因，即使全部網頁都轉化為靜態網頁，仍有可能造成信息無法被搜索引擎收錄。

領先的網站早已經過網站優化改造實現了全部信息的靜態化處理，但 B2B 網站發展到今天，仍然有大量網站采用全動態網頁技術，甚至主欄目和二級欄目都是動態生成，這樣的動態網站已經無法在搜索引擎自然檢索結果中獲得任何優勢，即使網頁被搜索引擎收錄，也難以獲得比其他同類內容的靜態網頁有任何優勢，其結果是，通過搜索引擎自然檢索帶來的訪問量越來越少。

在一般由網站維護人員編輯內容的網站中，網頁標題的設計以及網頁標題與網頁內容的相關性問題可以得到比較好的控制，但在用戶自行發布信息的 B2B 行業網站，網頁標題設計不專業以及與網頁內容相關性不高的問題比較突出，其后果是不僅供求信息內容網頁在搜索引擎中沒有競爭優勢，甚至可能影響整個網站的表現。在u201c搜索引擎檢索結果中的低質量網頁及其成因分析 u201d中對此有所描述。

B2B 電子商務網站優化中還有很多形形色色的問題，除了網站優化中沒有考慮到的網站基本要素外，還有的是B2B網站技術人員自己在摸索著進行網站搜索引擎優化因為不當的操作所造成的種種問題，很多問題日積月累已經成了疑難雜癥，不僅沒有達到網站優化的目的，反而讓網站出現更多的問題。