就性質而言，自由貿易區可分為：商業自由區和工業自由區。前者不允許貨物的拆包零售和加工制造；后者允許免稅進口原料、元件和輔料，并指定加工作業區加工制造。

就功能而言，世界自由貿易區的功能設定是根據區位條件和進出口貿易的流量而確定的，并且隨著國內外經濟形勢的發展而調整和發展。其主要類型有以下幾種：

轉口集散型

這一類自由貿易區利用優越的自然地理環境從事貨物轉口及分撥、貨物儲存、商業性加工等。最突出的是巴拿馬的科隆自由貿易區。^[17]

貿工結合、以貿為主型

這類自由貿易區以從事進出口貿易為主，兼搞一些簡單的加工和裝配制造。在發展中國家最為普遍。例如阿聯酋迪拜港自由港區。^[17]

出口加工型

這類自由貿易區主要以從事加工為主，以轉口貿易、國際貿易、倉儲運輸服務為輔。例如尼日利亞自由貿易區。^[17]

保稅倉儲型

這類自由貿易區主要以保稅為主，免除外國貨物進出口手續，較長時間處于保稅狀態，例如荷蘭阿姆斯特丹港自由貿易區。^[17]