關(guān)于日本列島上被確認(rèn)過的人類歷史，大約可以追溯到3萬年前至10萬年前。約1.2萬年前左右，因末次冰期結(jié)束而開始急劇溫暖化，使得人們的文化與生活產(chǎn)生極大變化，全島進(jìn)入下個繩紋時(shí)代。約1.2萬年前左右開始被稱為繩紋時(shí)代。分為草創(chuàng)期、早期、前期、中期、后期、晩期這6期。這個時(shí)候的人們制作繩紋式陶器、早期以后邁向定居化，大部分住在半地穴式房屋（豎穴式住居）。使用弓箭狩獵、貝冢漁撈、采集植物等經(jīng)營生活，使用打制石器、磨制石器、骨角器等等。也進(jìn)行栽培，后期到晩期間種植稻。
在日本神話中，太陽神天照大神的后裔神武天皇于公元前660年建立日本國并即位為天皇。
伴隨著渡來人的移入，日本在彌生時(shí)代初期出現(xiàn)了陶器、鐵、銅器以及水田等文化，使日本逐漸成為一個農(nóng)業(yè)社會。彌生時(shí)代中期，位于九州的奴國國王向漢朝朝貢，并獲賜金印。
到了2世紀(jì)后半期，各小國內(nèi)戰(zhàn)頻繁，直至3世紀(jì)中葉才出現(xiàn)較大的u201c大和國u201d，后經(jīng)過長期的擴(kuò)張，并且逐漸征服了日本中部大部分地方，其首領(lǐng)最初稱為u201c大王u201d，后來改稱天皇。
古墳的分布基本上遍及本州島南部，以奈良、大阪的大和盆地為主，北海道則未發(fā)現(xiàn)。這一時(shí)期的墳?zāi)篂榫薮蟮难ㄊ酵炼眩闹苡泻緶希瑄201c前方后圓u201d形式的墓制最具代表性，墳的周遭圍繞著中空的黏土塑像，這些筒狀土制人偶可能是殉葬用的，稱之u201c埴輪u201d。建筑這些墳?zāi)剐枰ㄙM(fèi)大筆金錢，只有少數(shù)的統(tǒng)治階級能夠負(fù)擔(dān)，截止2013年發(fā)現(xiàn)有71座，鑰匙孔形的古墳最常見，大阪的大山冢，又名u201c仁德天皇陵u201d據(jù)悉為全世界最大的古墳。
古墳里通常有許多銅鏡、珠寶等物品，到了后期，古墳里還有兵器和盔甲。古墳時(shí)代分為前期、中期、后期。從8世紀(jì)初開始，火葬流行，古墳逐漸式微，并開啟了佛教建筑的時(shí)代。
飛鳥時(shí)代得名于奈良縣的飛鳥地方（如今的明日香村，當(dāng)時(shí)的都城藤原京）。佛教在這一時(shí)期通過百濟(jì)傳來，587年，衣折戰(zhàn)役中，蘇我馬子擊敗物部守屋，取得對朝廷的控制權(quán)。
592年，和蘇我氏有姻親關(guān)系的皇族女性豐御食炊屋姬即位為推古天皇。她提名圣德太子（馬廄門王子）為攝政進(jìn)行了以加強(qiáng)皇權(quán)為核心的政治改革。圣德太子制定了十二階冠位和十七條憲法；同時(shí)還派遣使節(jié)和留學(xué)生到隋朝學(xué)習(xí)。蘇我入鹿殺害了圣德太子的兒子山背兄皇子，645年，中大兄皇子（天智天皇）和中臣鐮足（藤原鐮足）合謀刺殺蘇我入鹿，結(jié)束了蘇我氏的專權(quán)。同年，孝德天皇即位，頒布大化改新詔，推行大化革新。
672年，天智天皇駕崩，兒子大友皇子即位弘文天皇。天智天皇的弟弟大海人皇子與其爭位，爆發(fā)戰(zhàn)爭，史稱壬申之亂。710年，元明天皇遷都平城京，飛鳥時(shí)代結(jié)束。
奈良時(shí)代即以奈良（平城京）為都的時(shí)代。自710年（和銅三年）定都平城京，至784年（延歷三年）遷都長岡京，共計(jì)74年。是律令制社會的繁榮鼎盛時(shí)期，表現(xiàn)在政治經(jīng)濟(jì)制度、階級關(guān)系、文化以及對外關(guān)系等方面。光仁天皇及桓武天皇時(shí)期，朝廷力圖整頓混亂的政治形勢，縮減財(cái)政開支，改革兵制，向東北地區(qū)擴(kuò)展疆域，謀求整形和重新加強(qiáng)律令制。日本最早的史書《古事記》、《日本書紀(jì)》也于此時(shí)相繼編成，從而進(jìn)入日本的歷史時(shí)代。
平安時(shí)代即以平安京（京都）為都城的歷史時(shí)代，始于794年（延歷十三年）桓武天皇遷都平安京，終于1185年（文治元年）鐮倉幕府成立，歷經(jīng)400年。莊園制度讓開墾耕地的人永久擁有耕地，他們結(jié)合成利益集團(tuán)，更武力兼并莊園，漸成各地武家實(shí)力的來源。
源賴朝平定平氏后，建立以鐮倉為全國政治中心的武家政權(quán)時(shí)代。始于1185年（文治元年）鐮倉幕府成立，終于1333年（正慶二年、元弘三年）幕府滅亡，歷經(jīng)149年。始期另有1180年說、1183年說、1192年說（源賴朝出任征夷大將軍）。
在北條時(shí)宗在位的時(shí)候，元世祖忽必烈曾兩次侵日未果。后期，幕府的統(tǒng)治日漸衰敗，無法維持，終于后醍醐天皇舉兵，然后被討伐大將、上野大族足利尊氏的倒戈而滅亡。
后醍醐天皇消滅了鐮倉幕府后，就進(jìn)行了第一次的王政復(fù)古，推行新政，史稱建武新政。足利尊氏迫后醍醐天皇退位。新天皇光明天皇策封他為征夷大將軍，是為北朝。后醍醐天皇退位后持著天皇象征的三神器退往大和的吉野（今奈良縣），是為南朝，至此南北朝終于形成。
足利氏原是上野豪族，而且更是鐮倉幕府將軍源賴朝同族，足利尊氏在京都的室町開設(shè)幕府，是為室町幕府。南北朝的統(tǒng)一是第三代將軍足利義滿進(jìn)行的，他統(tǒng)一了以后，曾企圖篡奪皇位。但在他死后，第四代將軍足利義持阻止了此事。由于當(dāng)初足利氏為了對付南朝，必須于京都開設(shè)幕府，而在鐮倉設(shè)公方府，引來了關(guān)東大亂。在第八代將軍足利義政在位的時(shí)候，因繼承權(quán)問題爆發(fā)了應(yīng)仁之亂，自此幕府的權(quán)威日下。原本受幕府策封于各地的守護(hù)大名，有的漸漸被守護(hù)代（副官）、家臣、國人篡奪政權(quán)，有的可以保持政權(quán)至戰(zhàn)國時(shí)代。從應(yīng)仁之亂開始，至足利幕府滅亡，稱為戰(zhàn)國時(shí)代。
天正元年（1573年），織田信長放逐了末代將軍足利義昭，足利幕府宣告滅亡。后逐漸成為全國最強(qiáng)大的軍事首領(lǐng)，并開始積極拓展統(tǒng)治版圖，直到天正十年（1582年）消滅甲斐大名武田氏為止，已幾乎完全控制近畿與東海地方，并將勢力延伸至中國地方、甲信越地方、四國地方以及北陸地方，此時(shí)的全國實(shí)際政治中心也轉(zhuǎn)移到安土城的織田氏手上。同年，部將明智光秀發(fā)動本能寺之變，織田信長死去（或說失蹤），其長子兼織田家家督織田信忠敗給明智光秀后自殺，整個織田氏頓時(shí)陷入混亂。
1584年，羽柴秀吉與東海地方大名德川家康爆發(fā)會戰(zhàn)，雙方經(jīng)過一番對峙后進(jìn)行和解并結(jié)為同盟，同年，大坂城完工，羽柴秀吉以此為根據(jù)地，開始進(jìn)行統(tǒng)一全國的計(jì)劃。經(jīng)歷四次的大規(guī)模討伐后，1590年，接受天皇賜姓豐臣的秀吉完成全國大致上的統(tǒng)一，1598年，豐臣秀吉去世，全國再度陷入混亂。
1603年（慶長8年）至1867年（慶應(yīng)3年）間被稱為江戶時(shí)代，于江戶設(shè)置了江戶幕府。政治一安定經(jīng)濟(jì)也跟著發(fā)展，在德川綱吉時(shí)代景氣良好，商人與町人盛行元祿文化。江戶時(shí)代中葉，幕府財(cái)政陷入困境，德川吉宗實(shí)行享保改革暫時(shí)恢復(fù)了財(cái)政，卻又再度惡化。
幕府末年被歐美各國逼迫開國，經(jīng)由馬修·培里來航而簽下了日美神奈川條約等不平等條約使得鎖國崩裂。隨著開國與尊王攘夷思想強(qiáng)盛，幕府大老遇刺身亡與薩英戰(zhàn)爭都令幕府的權(quán)威一落千丈，最終德川慶喜先后把政權(quán)與領(lǐng)地交還朝廷，史稱u201c大政奉還u201d。
明治年間（1868年u20151912年）稱為明治時(shí)代。
經(jīng)過王政復(fù)古大號令及戊辰戰(zhàn)爭后，擁戴朝廷的諸藩，成立了明治大日本帝國政府。舊藩士在新政下生活困苦，演變成西南戰(zhàn)爭，后來漸漸恢復(fù)秩序。
新政府積極引入歐美各種制度及廢藩置縣等等，這些各項(xiàng)改革被稱為明治維新。一方面，新政府確立國家制度，如設(shè)立帝國議會及制定大日本帝國憲法；一方面，又以培植產(chǎn)業(yè)及加強(qiáng)軍力（富國強(qiáng)兵）為國策推進(jìn)，急速地發(fā)展成近代國家。此外，1879年染指清朝朝貢國琉球國，并改設(shè)為沖繩縣。日本又在1894年甲午戰(zhàn)爭及1904年日俄戰(zhàn)爭中取得勝利，通過《馬關(guān)條約》等不平等條約，割占臺灣及其附屬島嶼（含釣魚島），強(qiáng)占東北南部。1910年吞并朝鮮。
文化上，日本從歐美傳入了新的學(xué)問，藝術(shù)；帶有未曾在日本出現(xiàn)過的個人主義小說，文學(xué)開始出現(xiàn)，與江戶時(shí)代以前不同的文化展開了。宗教上，改變了以往神佛合流的現(xiàn)象（神佛分離），出現(xiàn)了打壓佛教（廢佛毀釋）等等的運(yùn)動。
大正年間（1912年u20151926年）稱為大正時(shí)代。明治天皇于1912年駕崩，子嘉仁繼位，改元大正，是為大正時(shí)代。大正元年，因?yàn)殛戃姷归w而引起了第一次護(hù)憲運(yùn)動（即：大正民主運(yùn)動，日語：大正デモクラシー），開始出現(xiàn)政黨政治。
大正時(shí)代前期，發(fā)生了第一次世界大戰(zhàn)，時(shí)為自明治維新以來日本國力最高峰的盛世，但1921年，大正天皇因病而由太子裕仁攝政，1923年發(fā)生關(guān)東大地震，以及一戰(zhàn)后在國際和平會議中節(jié)節(jié)敗退，使日本日漸艱難。
權(quán)貴與政黨不斷抗?fàn)帲l(fā)生了第二次護(hù)憲運(yùn)動，實(shí)行了全民普選（1925年）。亦由唯一的元老西園寺公望推薦首相，提倡u201c憲政之常道u201d。
1926年12月25日，大正天皇駕崩，皇太子裕仁繼位，是為昭和時(shí)代。第一次世界大戰(zhàn)時(shí)期，日本經(jīng)濟(jì)發(fā)展迅速。國內(nèi)政局為統(tǒng)制派軍人擊倒皇道派軍人從而掌握軍政大權(quán)。此后，由于統(tǒng)制派軍人由外而內(nèi)改變國家政體的思想，日本開展了對包括中國在內(nèi)的東亞各國的大規(guī)模侵略。日本成為第二次世界大戰(zhàn)遠(yuǎn)東以太平洋戰(zhàn)場上的主要侵略者。
1945年8月15日，日本接受《波茨坦公告》無條件向盟軍投降。
戰(zhàn)后的政黨如雨后春筍一樣大量成立。聯(lián)合政府倒臺。吉田茂再次重登相位，連續(xù)四次組閣，合共第一次組閣為日本史上唯一的。《舊金山和約》簽定后，日本恢復(fù)了國家主權(quán)（因《舊金山和約》簽訂時(shí)，中華人民共和國尚未取得聯(lián)合國席位因此被美國、英國、法國等國排除在外，故中華人民共和國政府自和約簽訂至今均未承認(rèn)過《舊金山和約》）。
昭和天皇于昭和64年（1989年）1月7日駕崩，子明仁繼位，駕崩隔日起（1月8日）改元平成，稱為平成時(shí)代（1989年至今）。
民主黨代表（黨首）鳩山由紀(jì)夫（2009年9月）16日在特別國會首相指名選舉中當(dāng)選為日本第93任首相，并于當(dāng)天完成組閣。新內(nèi)閣的成立標(biāo)志著日本政壇正式進(jìn)入民主黨執(zhí)政時(shí)代，日本首次實(shí)現(xiàn)戰(zhàn)后以來真正意義上的u201c政權(quán)更迭u201d。
2016年10月28日，日本當(dāng)選聯(lián)合國人權(quán)理事會成員，任期從2017年至2019年。
[6]2017年12月8日，明仁天皇退位日定于2019年4月30日。
[7]2019年4月1日，日本官房長官菅義偉宣布，u201c令和u201d被選為日本新年號，從2019年5月1日開始啟用u201c令和u201d為年號。
2019年4月9日，日本政府財(cái)務(wù)相麻生太郎正式宣布，將在2024年度的上半年更換紙幣圖案，推出1萬日元、5000日元和1000日元新紙幣，正面將分別使用澀澤榮一、津田梅子、北里柴三郎的人物肖像。
2019年5月1日，天皇德仁在東京的皇居舉行即位儀式，成為日本第126代天皇。
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