日本海關(guān)總部為“日本海關(guān)及關(guān)稅局”，隸屬于財(cái)政部。海關(guān)法（CUSTOMS LAW）、海關(guān)關(guān)稅法（CUSTOMS TARIFF LAW）及臨時(shí)關(guān)稅法（TEMPORARY TARIFF LAW）是日本海關(guān)關(guān)稅政策與行政管理的基本法律條文。

日本海關(guān)及關(guān)稅局設(shè)1名局長(zhǎng)，兩名副局長(zhǎng)。下設(shè)六個(gè)處（協(xié)調(diào)處、人教處、關(guān)政政策與法律處、執(zhí)法處、海關(guān)通關(guān)處以及事后稽查、調(diào)查與情報(bào)處）、四個(gè)辦公室（信息管理辦公室、地方海關(guān)監(jiān)察辦公室、海關(guān)管理研究辦公室、經(jīng)濟(jì)伙伴關(guān)系辦公室）和兩名顧問(wèn)（國(guó)際組織顧問(wèn)、國(guó)際事務(wù)與研究顧問(wèn)）。各處處長(zhǎng)、各辦公室主任和兩名顧問(wèn)分管與海關(guān)行政管理和關(guān)稅政策有關(guān)的所有事務(wù)。截至2008財(cái)年，海關(guān)及關(guān)稅局共有176名人員（此處系指總部人員）。

海關(guān)及關(guān)稅局有三大職能：

（1）征收進(jìn)口關(guān)稅、消費(fèi)稅和進(jìn)口貨物應(yīng)納的其他國(guó)內(nèi)稅（每年征稅約5萬(wàn)日元，占日本年度稅收的10%）；

（2）對(duì)貨物流動(dòng)進(jìn)行監(jiān)管，防止有害物品走私進(jìn)入日本（如麻醉品、火器和其他違禁品）；

（3）促進(jìn)貿(mào)易便利，協(xié)調(diào)國(guó)際貿(mào)易手續(xù)，促進(jìn)世界經(jīng)濟(jì)增長(zhǎng)和人民生活水平的提高。

海關(guān)及關(guān)稅局的主要職責(zé)為：

（1）對(duì)關(guān)稅、噸位稅、特別噸位稅以及其它海關(guān)管理事項(xiàng)進(jìn)行調(diào)研、規(guī)劃（包括與外國(guó)談簽關(guān)稅協(xié)定）；

（2）決定并征收關(guān)稅、噸位稅、特別噸位稅和國(guó)際貨物消費(fèi)稅；

（3）依照海關(guān)法及其它有關(guān)法律條文對(duì)進(jìn)出口貨物、船只、飛行器及旅客進(jìn)行監(jiān)管控制；

（4）保稅區(qū)監(jiān)管；

（5）向報(bào)關(guān)行和報(bào)關(guān)員發(fā)放報(bào)關(guān)許可,并對(duì)其進(jìn)行監(jiān)督管理；

（6）對(duì)日本自動(dòng)化貨物報(bào)關(guān)系統(tǒng)中心進(jìn)行管理；

（7）編制海關(guān)統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)；

（8）對(duì)海關(guān)關(guān)員進(jìn)行教育培訓(xùn)；

（9）為“海關(guān)、關(guān)稅、外匯與其它交易理事會(huì)”提供支持。日本通過(guò)關(guān)區(qū)海關(guān)管理各地區(qū)海關(guān)務(wù)，關(guān)區(qū)海關(guān)受海關(guān)關(guān)稅局直接監(jiān)管控制。

日本全國(guó)劃分為東京、橫濱、神戶(hù)、大阪、名古屋、門(mén)司、長(zhǎng)崎、函館、沖繩九個(gè)關(guān)區(qū)（AREA），總?cè)藬?shù)8620人（截至2008財(cái)年）。各關(guān)區(qū)總部為總關(guān)（CUSTOM HOUSE），下轄若干分關(guān)（BRANCH OFFICE）及防衛(wèi)站（GUARD POST）。總部長(zhǎng)官將大部分職權(quán)授予分關(guān)主管處理地區(qū)事務(wù)。除沖繩關(guān)區(qū)外，各總關(guān)下設(shè)四個(gè)處，即協(xié)調(diào)處、執(zhí)法處、通關(guān)處、事后稽查、調(diào)查與情報(bào)處。截至2008年7月，全國(guó)有68個(gè)分關(guān)，117個(gè)支關(guān)（SUB-BRANCH）以及9個(gè)防衛(wèi)站。