1、企業應如實填寫《大型高新技術企業適用便捷通關程序備案審批表》一式5份，并由企業法定代表人或其授權的代表簽字后加蓋企業公章。
2、企業向其所在省、自治區、直轄市或計劃單列市外經貿委（廳、局）報請核定企業申請條件，負責核定的外經貿委（廳、局）應在10個工作日內完成核定工作，批準時應在一式5份《大型高新技術企業適用便捷通關程序備案審批表》相應欄中加蓋公章。
3、企業向其主管地直屬海關報請核準所適用的通關便捷程序，負責核準的主管直屬海關應在10個工作日內完成核準工作，批準時應在一式5份《大型高新技術企業適用便捷通關程序備案審批表》相應欄中加蓋公章。同時加蓋有外經貿委（廳、局）和直屬海關公章的《大型高新技術企業適用便捷通關程序備案審批表》1份發給企業，2份分別報送海關總署和外經貿部，2份分別由外經貿委（廳、局）和直屬海關存檔。
4、企業與主管直屬海關簽訂一份《適用便捷通關程序責任擔保書》（以下簡稱《責任擔保書》）。《責任擔保書》由海關總署規定統一格式及基本內容，并可按海關監管或企業經營的特殊需要補充具體的規定。《責任擔保書》一式5份，責任雙方各1份，2份報海關總署和外經貿部備案，1份存檔。
5、直屬海關負責將同時加蓋有外經貿委（廳、局）和直屬海關公章的《大型高新技術企業適用便捷通關程序備案審批表》連同責任3方簽訂的《責任擔保書》復印件1份分別報送海關總署、外經貿部備案。海關總署、外經貿部對《大型高新技術企業適用便捷通關程序備案審批表》及《總擔保書》如有異議，應在收到《大型高新技術企業適用便捷通關程序備案審批表》及《責任擔保書》后10天內要求直屬海關延期實施或撤消《大型高新技術企業適用便捷通關程序備案審批表》，或者修改《責任擔保書》。逾期沒有提出異議，《大型高新技術企業適用便捷通關程序備案審批表》及《總擔保書》即予生效。
6、《大型高新技術企業適用便捷通關程序備案審批表》及《責任擔保書》生效之日，企業辦理進出口貨物報關手續，可直接按便捷通關程序的具體規定及《責任擔保書》的特殊約定適用相應的便捷通關程序。企業發生影響《大型高新技術企業適用便捷通關程序備案審批表》及《責任擔保書》的重大變更或變化情況，應及時報告主管直屬海關和主管外經貿委（廳、局）。