（一）效率高。
1、傳統紙本手冊，受制于8小時工作制；聯網監管后，錄入、發送、網絡傳輸都是24小時的工作制。
2、傳統紙本手冊是對每個合同進行審批，包括準備合同資料、打印、兩次錄入、網絡傳輸、審批等過程，共約需7－8天，甚至10多天。聯網監管省卻了前期大量的準備合同資料、錄入時間、電子資料的發送接收時間，到外經貿部門申請聯網監管批準證和到海關進行電子賬冊備案都是通過計算機網絡進行，審批大約需要兩天時間。
3、按傳統合同手冊，一般情況下每個企業都有幾十本，甚至上百本手冊，報關單的數量也相當驚人，導致的手冊之間的結轉、核銷的工作量非常大；按聯網監管，企業只需一個業務批準證，一本電子賬冊，實行滾動核銷，報關單的數量將會明顯下降，核銷期間照常通關，企業進出口通關效率會得到大幅提高。
4、企業申請批準證，除第一次申請需要提交法律規定的材料以外，以后申請批準證、變更、核銷等直接從網上進行申請，外經貿部門審批后，企業不需要帶任何資料，直接到審批部門領取批準證，很大程度上方便了企業。
（二）靈活性強。
1、單耗分段備案，最遲可在成品出口前備案，根據成品版本號申報準確實際的單損耗情況，申報數據更加準確。
2、通關時無須調度手冊，只用一本電子賬冊，不會串料，自動核對核算，提高核銷的效率及精度，通過最大批準量、最大周轉金額進行控制，中期核查使企業既能及時糾正或預先堵塞企業內部物流管理漏洞。
3、進口料件和出口成品的海關編碼都實行4位管理，實行大類歸并，商品小類變更由企業自行做主，不必報審批機關批準，使企業在同一時間內可以接收更多的訂單，提高企業接單的靈活性和自主性。
（三）費用省。
1、企業生產成本下降。聯網監管實行分段備案、只控制料件的最大周轉量和周轉金額，不受具體合同料件數量和金額的限制，更適應企業現代生產經營和物流要求，使企業得以按生產管理的實際需要安排物流和組織進出口，大大減少企業庫存，生產成本大幅度降低。據聯網監管企業奧林巴斯反映，聯網監管后，企業每個月僅在庫金額一項就下降了340萬港幣。
2、企業交納的費用減少。按傳統合同手冊，加工貿易企業要按料件清單份數交納錄入費；聯網監管后，企業只需交納網絡維護費，能節省大量經營費用。