海口海關(guān)的前身是成立于1876年的瓊州海關(guān)（簡(jiǎn)稱“瓊海關(guān)”）。早在宋代，海南島的海上貿(mào)易已較發(fā)達(dá)，南宋乾道年間（1165-1173年）在海南設(shè)立瓊州市舶分局，此為瓊海關(guān)之雛形。康熙年間，清政府廢除了市舶司制度，設(shè)立了江、浙、閩、粵四海關(guān)。粵海關(guān)下設(shè)總口七處，海口總口是其中之一。
　　第二次鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)后，海口港作為對(duì)外通商口岸首先向英、俄、法、美以及歐州各國(guó)開放。清光緒年間，瓊州海關(guān)在海口正式成立（簡(jiǎn)稱“瓊海關(guān)”，俗稱“洋關(guān)”）高級(jí)職務(wù)由洋人擔(dān)任。瓊海關(guān)全面推行洋關(guān)制度后，唯總稅務(wù)司之令而行，為帝國(guó)主義列強(qiáng)傾銷商品，掠奪中國(guó)資源，大開方便之門。
　　新中國(guó)成立后，成立了中華人民共和國(guó)海口海關(guān)，在海關(guān)總署集中統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)下，擔(dān)負(fù)起把守國(guó)家經(jīng)濟(jì)南大門的重任，認(rèn)真履行國(guó)家賦予海關(guān)監(jiān)管、征稅、查私三大任務(wù)。“文革”期間，海口海關(guān)的工作受到嚴(yán)重影響，1971年海南區(qū)革委會(huì)甚至批準(zhǔn)撤銷海口海關(guān)，1972年才得以恢復(fù)。 Bｇyedu.CoM
　　十一屆三中全會(huì)以后，海關(guān)工作進(jìn)入了一個(gè)嶄新的時(shí)期。中央決定加快海南的開發(fā)建設(shè)，建立了海南經(jīng)濟(jì)特區(qū)，在政策給予很大的優(yōu)惠，海南的經(jīng)濟(jì)展現(xiàn)出勃勃生機(jī)，海關(guān)業(yè)務(wù)量隨著海南對(duì)外貿(mào)易和經(jīng)濟(jì)建設(shè)的發(fā)展而急劇增長(zhǎng)。1984年，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)海口海關(guān)升格為廳局級(jí)海關(guān)。
　　海口海關(guān)將全面、準(zhǔn)確地執(zhí)行“依法行政、為國(guó)把關(guān)、服務(wù)經(jīng)濟(jì)、促進(jìn)發(fā)展”的海關(guān)工作方針，方便合法進(jìn)出，提供優(yōu)質(zhì)、高效的服務(wù)，按照“政治堅(jiān)強(qiáng)、業(yè)務(wù)過(guò)硬、值得信賴”的要求扎實(shí)做好各項(xiàng)工作，為海南的對(duì)外貿(mào)易發(fā)展作出貢獻(xiàn)。