ATA單證冊制度的運作主要涉及到ATA單證冊的簽發、使用和核銷等各個方面的具體問題，以及各國擔保商會、出證商會與海關之間的相互協調與責任劃分。

    ATA單證冊制度的實際運作過程包括四個步驟：

    一、國際商會國際局設立ATA國際聯保系統，各國指定相應的擔保商會和出證商會。

    二、貨主向被授權的出證商會提出申請，提交相應的申請文件、出證費用、擔保，出證商會審核認可后，簽發ATA單證冊。

    三、單證冊隨貨物在各國海關之間流轉，憑其辦理貨物暫準進出口和過境等各類報關手續。

    四、單證冊使用完畢后交還出證商會核銷。如有未遵守使用規則的情況，單證冊進入索賠階段，待索賠事項處理結束后，核銷單證冊。

    ATA單證冊具有突出的實用性，這決定了ATA單證冊制度在運轉過程中，具有理論和實際緊密結合的特征。