我國雖然是世界重要的貿易大國，但我國現行的商檢口商品檢驗制度卻存在很多問題。我國的商檢行為，實際上有高達８０％－８５％是不必要的，進出口商品檢驗顯失當。包括：進出口商檢目錄存在法理偏差，進出口商檢技術法規體系缺失，進出口商檢存在重復檢驗問題，進出口商檢難以銜接國際規則，等等。

一、 種類表的結構與特性表明現行商品檢驗存在嚴重偏差
        按照《商品名稱及編碼協調制度》（Ｈ．Ｓ編碼）歸類，２００５年目錄中“檢驗檢疫類別”項下共６５６７個種類（不包括進出境動植物及其產品的檢疫）。這６５６７個商品可分別列入１９個不同的商品編碼類別和種類細目中，其中針對進出口商品安全、衛生特性檢驗的商品數量分別占總數的２１．１４％、１７．２５％、４．４９％，三類商品總共僅占到合計總數的４２．８８％，不到總數的一半，而針對進出口商品常規性能質量、數量、規格、型號、重量、包裝等檢驗的商品數量分別占總數的２３．１９％和３３．９３％，合計占５７．１２％。

        商檢種類表結構也不合理。出口商品檢驗種類（Ｎ代碼）２２２８個，比進口商品檢驗種類（Ｍ代碼）多７０５個，占總量的５９．４％；全部出口商品檢驗檢驗種類（包括出口食品衛生監督檢驗Ｒ代碼）３３６１個，比全部進口商檢種類（包括進口食品衛生監督檢驗Ｓ代碼和民用商品入境驗證Ｌ代碼）還多１５５種，占全部商品檢驗種類總量的５１．１８％。

        從實際檢驗情況看，非安全、衛生的商品檢驗所占比重過大。２００４年全國商品檢驗貨物中，主要涉及安全、衛生類的商品檢驗驗疫批次／貨值占檢驗檢疫總批次／貨值的１０．９４％和８．２８％，部份涉及安全、衛生類的商品檢驗驗疫批次／貨值占檢驗檢疫總批次／貨值的５７．１６％和７５．６２％，基本不涉及安全、衛生類的商品檢驗驗疫批次／貨值占檢驗檢疫總批次／貨值的３１．９０％和１６．１０％。可以說，有４１％以上的商品檢驗執行的是１９８９年《商檢法》職能，而根據修訂后的《商檢法》，這５５７．５２萬批／２３４７．０４億美元的貨物應該是不需要納入檢驗檢疫范圍的。

        ２００３年出口商品檢驗批次占了進出口商檢總批次的６４．９４％，２００４年甚至提高到６６．４１％。２００４年出口商檢總批次８３３．３３萬次，比進口商檢多４１１．７４萬次。由于商品檢驗工作量主要與批次有關，而與商品檢驗金額關系不大，也就是說，我國的商檢工作，約三分之二精力是放在出口商檢上。

二、現行商品檢驗種類和內容未充分體現《進出口商品檢驗 />         適應我國經濟社會發展需要，２００２年我國對《商檢法》進行了修改。商品檢驗立法宗旨中取消了原有對進出口商品的質量檢驗要求，而將社會公共利益列為商檢口商品檢驗的內容與目標，同時也首次提出規范進出口商品檢驗行為的要求；把種類表制定原則從“對外貿易發展需要”明確更改為“保護人類健康和安全、保護動物或者植物的生命和健康、保護環境、防止欺詐行為、維護國家安全”；將進出口商品檢驗的依據規范為國家技術規范的強制性要求和合格評定程序的要求，對尚無檢驗依據的情況提出了規范的處理原則取消了對商品的質量、規格、數量、重量、包裝等的檢驗要求，同時取消了依照對外貿合同約定的檢驗標準檢驗的規定。但從實施近４年的實際情況看，現行商品檢驗行為與新《商檢法》的要求仍有很多不相符合的地方，這在商檢種類表的確定和實施中有清晰而且廣泛的體現。

        從１９５０年３月中央貿易部第一次頒布《檢驗商品種類表》到２００５年１月國家出入境檢驗檢疫局頒布《出入境檢驗檢疫機構實施檢驗檢疫的進出境商品目錄》，商品檢驗種類表共進行了２１次制定和調整。初始階段以出口商品檢驗為主，但１９８０年代后期以后進口商檢越來越受到重視，進口商檢種類表增長速度超過出口商檢。但直到目前為止，出口商檢種類仍然超過進口商檢種類，２００５年出口商品檢驗（包括出口食品監督檢驗）３３６１種，比進口商檢（包括進口食品監督檢驗和入境民用商品驗證）的３２０６種多１５５種。

三、進出口商品檢驗目錄（種類表）存在法理偏差
        進出口商品檢驗目錄（種類表）確定了進出口商品檢驗種類的規模和范圍并在此基礎上根據相應技術規范進行合格評定活動，對所有列入種類表的進出口商品進行強制性檢驗。但由于現行商品檢驗種類表的確定和實施與《商檢法》立法宗旨存在較大偏差，強制性商檢目錄過于寬泛，目錄結構嚴重不合理，實施過程中缺乏明確技術規范和標準，合格評定程序存在重大缺陷，導致商品檢驗對于公共利益的保障力度不夠，同時在某種程度上制約了對外貿易尤其是出口的發展。