馬來(lái)亞由馬來(lái)半島的西馬及位于北婆羅州的東馬所組成。在英國(guó)統(tǒng)治的時(shí)期，西馬都被稱為馬來(lái)亞。

馬來(lái)西亞是東南亞這個(gè)地區(qū)其中一個(gè)最早有人類居住的地方。大約50，000年前，東馬砂勞越州的古老尼亞（NahCave〕洞里，已經(jīng)開始有人類居住了。

在西馬，即馬來(lái)半島，內(nèi)陸山區(qū)的原住民比馬來(lái)人更早就在這里居住了。

位于柬埔寨的Funan王朝，于公元初期曾經(jīng)延伸其影響力到馬來(lái)半島。到了第七世紀(jì)，蘇門答臘的室里弗遜（SriVijaya〕王朝則在南中國(guó)海的區(qū)域崛起成為最大的王朝。第十三世紀(jì)后半期，滿者伯夷（Majapahit〕王朝取代室里弗遜，馬來(lái)半島也跟著落入滿者伯夷王朝的掌控中。室里弗遜王朝的王子拜里米蘇拉，于大約1403年逃出滿者伯夷王朝的勢(shì)力范圍后，落腳在馬來(lái)半島的馬六甲，并在這里建立了歷史上聞名的馬六甲王朝。也是在這個(gè)時(shí)候，大約于十五世紀(jì)初，回教被引進(jìn)馬六甲王朝。

馬六甲王朝在全盛時(shí)期，是個(gè)聞名于世的港口及經(jīng)貿(mào)中心。由于其位置處于航海及經(jīng)貿(mào)的中心，又有良好的深水港口，東去資源豐饒的東方文明古國(guó)，西接印度、阿拉伯世界及歐洲西方列強(qiáng)，使到馬六甲不僅成為繁榮一時(shí)的商業(yè)中心，它也同時(shí)成為東西方多種文化互相碰面及交流的地方。中國(guó)明朝的鄭和就曾在七度下南洋的時(shí)候，到過(guò)馬六甲。為了促進(jìn)兩國(guó)之邦交，明朝的公主漢麗寶更是被遠(yuǎn)嫁到馬六甲來(lái)。

西方列強(qiáng)于十六世紀(jì)相繼而來(lái)，葡萄牙人于1511年消滅了馬六甲王朝，開始了馬來(lái)半島的殖民史。葡萄牙統(tǒng)治馬六甲到1641年，被荷蘭人所擊敗，馬六甲又由荷蘭人所統(tǒng)治。英國(guó)人于十八世紀(jì)開始展延它對(duì)馬來(lái)半島的控制。1786年，萊特首登檳城，1819年萊佛斯占領(lǐng)新加坡，1819年英國(guó)人和荷蘭人的交換殖民地，使到英國(guó)人也獲得了馬六甲，并于較后成立了馬六甲海峽殖民地。

英國(guó)人和馬來(lái)蘇丹于1895年簽署的邦咯島協(xié)約，使到英國(guó)人的勢(shì)力進(jìn)一步從馬六甲海峽殖民地延伸到內(nèi)陸的馬來(lái)州屬。通過(guò)律政司（ResidentSystem〕的制度，英國(guó)人逐漸全面的控制了整個(gè)馬來(lái)半島及新加坡。

在英國(guó)人殖民的時(shí)期，英國(guó)人為了大量開發(fā)錫礦及樹膠園，從中國(guó)及印度大量的引進(jìn)勞工，使到馬來(lái)西亞的多元種族的社會(huì)特征開始形成。 1942年第二次世界大戰(zhàn)，日本軍入侵馬來(lái)亞，把英殖民政府擊潰并統(tǒng)治了馬來(lái)亞三年零八個(gè)月。日本投降后，英軍回歸馬來(lái)亞繼續(xù)其殖民。1948年，英殖民政府宣布全國(guó)進(jìn)入緊急狀況以對(duì)付馬來(lái)亞共產(chǎn)黨。

1940年代末期及1950年代所掀起的爭(zhēng)取獨(dú)立運(yùn)動(dòng)，終于使到英殖民政府讓馬來(lái)亞于1955年進(jìn)行了第一次的全國(guó)選舉，由代表馬來(lái)人的巫統(tǒng)、代表華人的馬華公會(huì)及代表印度人的印度國(guó)大黨所組成的聯(lián)盟（現(xiàn)在稱為國(guó)陣〕，橫掃了52議席中的51席。

1957年8月31日，聯(lián)盟主席東姑阿都拉曼宣布馬來(lái)亞獨(dú)立。馬來(lái)文成為國(guó)語(yǔ)，回教成為國(guó)教。東姑阿都拉曼出任第一屆的首相，并被稱為國(guó)父。

在北婆羅洲方面，沙巴從1882年就被英北婆羅公司統(tǒng)治，直到日本軍隊(duì)在第二次世界大戰(zhàn)攻入占領(lǐng)為止。砂勞越則是英人查爾斯布洛克和汶萊蘇丹協(xié)議下所建立起來(lái)的白人拉惹布洛克的天下。從1840年直到1942年，它都由布洛克家族所控制。在世界大戰(zhàn)過(guò)后，沙巴及砂勞越正式成為英國(guó)殖民地。

1963年，馬來(lái)亞聯(lián)同新加坡、沙巴及砂勞越組成了馬來(lái)西亞聯(lián)邦。但1965年，由于東姑阿都拉曼及李光耀的政治分裂，新加坡宣布退出馬來(lái)西亞。

1969年的全國(guó)大選成績(jī)，顯示人民對(duì)聯(lián)盟的支持急劇下降，反對(duì)黨所獲得的席位劇增。雖然聯(lián)盟仍然控制聯(lián)邦政府，但失去了吉蘭丹州政權(quán)，并在多個(gè)州議會(huì)里面對(duì)強(qiáng)大的反對(duì)黨勢(shì)力。1969年5月13日，反對(duì)黨的勝利游行在不同種族的相互嘲諷及挑釁的過(guò)程中，演變成種族沖突及流血事件，造成百多人喪失生命，無(wú)數(shù)財(cái)產(chǎn)被摧毀。此歷史事件被成為513事件。

1970年，馬來(lái)西亞宣布實(shí)施為期廿年的新經(jīng)濟(jì)政策，其目的是要消除貧窮，重組社會(huì)，以拉近貧富的鴻溝。但這項(xiàng)政策所實(shí)行的固打制，也使到非馬來(lái)人社會(huì)非常不滿。

1972年，第二任首相敦拉薩改變了外交政策，開始和共產(chǎn)國(guó)家接觸，并致力使東南亞成為和平、自由及中立的區(qū)域。1974年，敦拉薩訪問中國(guó)，兩國(guó)的邦交自此一直密切發(fā)展至今。

1970年代，馬來(lái)西亞開始其工業(yè)化計(jì)劃。新經(jīng)濟(jì)政策廿年的成果，已經(jīng)使到馬來(lái)人的經(jīng)濟(jì)地位大大提升。1991年，第四任首相馬哈迪醫(yī)生宣布推行為期三十年的2020宏愿計(jì)劃，致力使馬來(lái)西亞在2020年成為先進(jìn)國(guó)。

直到目前為止，馬來(lái)西亞仍然以每年超過(guò)8％的成長(zhǎng)率發(fā)展，成為其中一個(gè)世界上成長(zhǎng)得最快的國(guó)家。目前馬來(lái)西亞共有十三個(gè)州，兩個(gè)聯(lián)邦直轄區(qū)。其首都為吉隆坡，是其中一個(gè)聯(lián)邦直轄區(qū)。