仲裁協議的有效解釋原則，是以仲裁協議的獨立性為其理論基礎的。仲裁協議的獨立性理論或者仲裁條款自治理論，在于將一個包括仲裁協議或者仲裁條款的合同，視為由兩個相對獨立的合同構成的整體，其中一個為實體性質的合同，即約定當事人雙方民事實體方面的權利義務等，與此相對應的是合同實體法;另一個為程序性質的合同，即形式上表現為仲裁協議或者仲裁條款，與此相對應的是合同程序法。仲裁協議的獨立性理論集中到一點，就是合同未成立、或者成立以后未生效或者被撤銷的，不應當影響仲裁協議或者仲裁條款的有效性。
仲裁協議的獨立性不僅有理論基礎，而且有明確的法律依據。根據我國仲裁法第5條關于u201c當事人達成仲裁協議，一方向人民法院起訴的，人民法院不予受理，但仲裁協議無效的除外u201d的規定，當事人之間存在著解決爭議的仲裁協議，而一方當事人又將其爭議提請人民法院通過訴訟解決的，人民法院應當不予受理。據此，一項有效的仲裁協議可以排除人民法院的司法管轄權。更能體現仲裁協議獨立性的是仲裁法第19條第1款的規定：u201c仲裁協議獨立存在，合同的變更、解除、終止或者無效，不影響仲裁協議的效力。u201d同時合同法第57條也明確規定：u201c合同無效，被撤銷或者終止的，不影響合同中獨立存在的有關解決爭議方法的條款的效力。u201d
從世界各國仲裁立法例、有關國際公約以及司法實踐來看，仲裁條款獨立于實體合同是一個普遍的規則。《承認及執行外國仲裁裁決公約》(又稱《紐約公約》)第2條第三款亦規定：u201c當事人就訴訟事項訂有本條所稱之協定者(即仲裁協議)，締約國法院受理訴訟時應依當事人一方之請求，命當事人提交仲裁，但前述協定經法院認定無效、失效或不能實行者不在此限。u201d而我國是《紐約公約》的締約國之一。
仲裁協議依法訂立，對當事人雙方即具有法律效力，人民法院也要充分尊重。一方當事人無視仲裁協議而直接向人民法院提起訴訟的，另一方當事人有權依據該仲裁協議請求人民法院不予受理或者終止司法程序，將有關爭議交由仲裁機構裁決。仲裁協議范圍內的事項所發生的爭議不得以訴訟方式加以解決，國內仲裁如此，涉外仲裁亦然。民事訴訟法第257條規定：u201c涉外經濟貿易、運輸和海事中發生的糾紛，當事人在合同中訂有仲裁條款或者事后達成書面仲裁協議，提交中華人民共和國涉外仲裁機構或者其他仲裁機構仲裁的，當事人不得向人民法院起訴。當事人在合同中沒有訂有仲裁條款或者事后沒有達成書面仲裁協議的，可以向人民法院起訴。u201d
我國仲裁法第16條要求仲裁協議除了應當具有請求仲裁的意思表示和仲裁事項以外，還包括選定的仲裁委員會，第17條規定的3種無效情形都是仲裁協議自身出現的問題，也從反面證明了仲裁協議的獨立性。
總之，即使實體合同未生效、無效、失效或者不能履行，合同中的仲裁條款的效力均不因此受影響。這一點是中國今后的司法實踐應當繼續堅持的。
仲裁協議約定由某地的仲裁機構仲裁且該地僅有一個仲裁機構的，該仲裁機構視為約定的仲裁機構。該地有兩個以上仲裁機構的，當事人可以協議選擇其中的一個仲裁機構申請仲裁;當事人不能就仲裁機構選擇達成一致的，仲裁協議無效。譬如最高人民法院在審理安徽國泰物業有限公司申請確認仲裁協議效力一案時認為：雙方當事人明確約定：合同履行中發生爭議由當地合同仲裁委員會仲裁，該約定對仲裁機構的表述，因為雙方當事人住所地及合同簽訂地、履行地、標的物所在地均在安慶市，合同中約定的u201c當地合同仲裁委員會u201d應認定為安慶仲裁委員會，故本案仲裁協議有效。
再如最高人民法院2000年12月5日在《關于中化國際石油(巴哈馬)有限公司訴海南昌盛石油開發有限公司購銷合同糾紛案中仲裁協議效力問題的復函》指出：根據國務院1996年6月8日《關于貫徹實施〈中華人民共和國仲裁法〉需要明確的幾個問題的通知》的規定，仲裁機構重新組建以后，中國國際經濟貿易仲裁委員會不是中國惟一的國際貿易仲裁機構，新組建的仲裁委員會也可以受理涉外仲裁案件。因此，合同中u201c中國相關的國際貿易仲裁機構u201d不能推定為就是中國國際經濟貿易仲裁委員會。鑒于本案當事人對仲裁機構的約定不明確，而一方當事人已起訴至有關人民法院，表明雙方當事人已不可能就仲裁機構達成補充協議，依照仲裁法第18條的規定，應認定本案仲裁條款無效。
第三，最高人民法院在《關于同時選擇兩個仲裁機構的仲裁條款效力問題的函》中認為，當事人在仲裁條款u201c合同爭議應提交中國國際貿易促進委員會對外經濟貿易仲裁委員會，或瑞典斯德哥爾摩商會仲裁院仲裁u201d中對仲裁機構的約定是明確的，亦是可以執行的，當事人只要選擇約定的仲裁機構之一即可進行仲裁。故根據民事訴訟法第111條第二項的規定得出人民法院對本案沒有管轄權的結論，承認了仲裁條款的有效性。