到二十世紀九十年代中期之前，u201c菜籃子工程u201d重點解決了市場供應短缺問題。u201c菜籃子u201d產品持續(xù)快速增長，從根本上扭轉了我國副食品供應長期短缺的局面。除奶類和水果外，其余u201c菜籃子u201d產品的人均占有量均已達到或超過世界人均水平。

到1993年底，全國農副產品批發(fā)市場已達2080個，城鄉(xiāng)集貿市場已達8.3萬個，其中農副產品專業(yè)市場8220個，初步形成了全國大市場、大流通的新格局。

1994年，u201c菜籃子工程u201d已處在由過去以生產基地建設為主轉入生產基地與市場體系建設并舉的新階段。同年年底，全國肉類總產量達4499.3萬噸，禽蛋1479萬噸，水產品總產量達2146.4萬噸，水果總產量達3499.1萬噸，蔬菜面積達1.34億畝。全國有27個省市初步建立了主要副食品的地方儲備。

從1995年起開始實施的新一輪u201c菜籃子工程u201d，主要有四大特點：加大基地建設，向區(qū)域化、規(guī)?；⒃O施化和高檔化發(fā)展；城鄉(xiāng)協(xié)手共建u201c菜籃子工程u201d。不僅城郊發(fā)展u201c菜籃子u201d，而且廣大農區(qū)也積極發(fā)展u201c菜籃子u201d，一批全國性的農區(qū)基地正在形成和發(fā)展；提高科技含量，優(yōu)化結構，增加花色品種。為了適應城鎮(zhèn)居民對u201c菜籃子u201d產品u201c鮮活、優(yōu)質、營養(yǎng)、方便、無蟲害u201d的消費要求，各地在生產中廣泛采用良種、良法、以提高產品的產量和質量；探索新的流通方式，積極推進產供銷、貿工農一體化經營。

1995年，農業(yè)部公布了全國23家首批定點鮮活農產品中心批發(fā)市場。同年，農業(yè)部實施了大、中城市u201c菜籃子u201d產品批發(fā)市場價格信息聯(lián)網。到同年9月，該信息網已與28個大、中城市和主產區(qū)的33個批發(fā)市場聯(lián)網。

1996年，u201c菜籃子工程u201d批發(fā)市場體系建設試點工作開始啟動。武漢、廣州、沈陽、西安四個城市入選為首批試點城市。試點工作由農業(yè)部和國家體改委聯(lián)合成立的領導小組組織實施，試點的總體安排時間為2至3年。

1997年底，全國農副產品批發(fā)市場發(fā)展到約4000家。全國已初步形成了以中心批發(fā)市場為核心，連接生產基地和零售市場的穩(wěn)定的u201c菜籃子u201d市場體系。

1998年，中共十五屆三中全會通過的《中共中央關于農業(yè)和農村工作若干重大問題的決定》指出，u201c菜籃子u201d產品生產要推廣優(yōu)新品種，降低成本，提高效益，實現(xiàn)均衡供給，努力創(chuàng)造名牌農產品。

1999年9月，全國10大城市第12次u201c菜籃子u201d產銷體制改革經驗交流會透露出這樣一個事實：國內u201c菜籃子u201d供求形勢已經從長期短缺轉變?yōu)楣┣蠡酒胶?、豐年有余，這標志著我國u201c菜籃子u201d工程正進入一個新的發(fā)展階段。

2000年11月17日， 全國十大城市菜籃子產銷體制改革經驗交流會提出21世紀初u201c菜籃子工程u201d的主要目標任務：以優(yōu)化結構、提高u201c菜籃子u201d產品質量和增加農民收入為中心，以深化改革、擴大開放和加快推進農業(yè)現(xiàn)代化為動力，實現(xiàn)u201c菜籃子工程u201d與生態(tài)環(huán)境協(xié)調發(fā)展，努力提高城鄉(xiāng)居民的生活質量。

2001年4月，一項重在提高農產品質量和保證農產品消費安全的u201c無公害食品行動計劃u201d由農業(yè)部組織實施。這項工作以u201c菜籃子u201d產品為突破口，以市場準入為切入點，從產地和市場兩個環(huán)節(jié)入手，通過對農產品實行u201c從農田到餐桌u201d全過程質量安全控制，計劃用8到10年的時間，基本實現(xiàn)主要農產品生產和消費無公害。

2002年7月，國家經貿委有關負責人宣布，u201c三綠工程u201d進展順利并取得階段性成果。u201c三綠工程u201d是指提倡綠色消費，培育綠色市場，開辟綠色通道，以提高食品質量，維護消費者利益。隨著u201c三綠工程u201d的實施，全國u201c菜籃子u201d衛(wèi)生質量安全檢測體系進一步加強，筑起一道道食品安全防線，有效防止有害食品流入市場。