市商務局共設6個職能科室：

（一）辦公室。負責組織和人事工作，承擔局機關機構編制、人事管理、隊伍建設和教育培訓；處理機關日常行政事務和后勤事務；負責局務工作和重要會議的組織、協調與督辦；承擔公文和印章管理、秘書事務、政府采購、外商邀請和接待、機要、保密、檔案、通信等工作事務；負責依法行政工作，處理行政復議案件；承擔局機關財務會計工作；編制預決算并執行預算；承擔本部門的資產管理和內部審計工作。負責局機關離退休人員的管理和服務工作；承擔來信來訪、安全保衛、綜合治理等維穩工作。

（二）行政審批服務科。授權承擔局相關行政審批、審核職能。

（三）綜合調研科。負責黨群和紀檢行風工作；負責做好政務信息、新聞發布、對外宣傳工作;承擔全局網站和信息化建設管理工作;組織辦理市人大代表建議、政協委員提案、市領導批示件；參與研究分析國際、國內商務形勢和發展趨勢，參與組織擬訂我市商務發展的規范性文件和規劃、實施意見；研究分析國際、國內商務形勢和發展趨勢，擬訂全市商務發展戰略、中長期規劃;監測分析商務運行狀況；匯總商務統計資料、發布商務信息;負責有關重要文件和綜合性材料的起草工作;組織協調課題調研工作;牽頭擬訂全市促進商務發展的政策措施;牽頭相關科室提出年度各類考核目標的計劃建議；承擔商務工作績效評估。

（四）對外貿易科。擬訂并實施全市對外貿易的發展規劃和政策措施；監測、分析全市進出口狀況，提出建設外貿強市的建議，推動外貿提質轉型；組織實施重要工業品、原材料和重要農產品進出口總量計劃，協調大宗進出口商品；承擔外貿促進體系建設，承擔國際會展業的行業管理；指導和組織企業參加商務系統外貿洽談會、展銷會、交易會等；推進出口基地和出口品牌體系建設；承擔全市機電產品和高新技術產品出口促進工作；指導全市服務貿易領域的對外開放，研究推廣各種新貿易方式；承擔國際服務貿易促進工作，推動技術進出口、文化產品與服務出口；貫徹落實國家、省、市有關對外貿易的扶持政策，負責審核、申報中央、省級各類外貿扶持資金；參與大通關建設和對外經貿便利化工作；協助處理國際貿易糾紛；負責進出口業務統計和分析。負責電子商務工作；依法承擔反傾銷、反補貼、保障措施等涉及進出口公平貿易的相關工作;指導協調境外對我市出口商品的反傾銷、反補貼和保障措施的應訴;收集境外貿易壁壘信息，建立并完善預警網絡和機制;組織開展WTO規則及與進出口公平貿易相關的宣傳、培訓和咨詢；承擔與對外貿易有關的知識產權調查應對工作；組織開展產業損害調查工作；建立產業損害預警機制，發布產業損害預警報告；開展產業競爭力調查、產業安全應對與效果評估，指導協調產業安全應對工作；依法對我市經營者集中行為進行監督；根據上級商務部門委托，開展經營者集中的調查工作；依法調查對外貿易中的壟斷行為，并采取必要措施消除危害；指導我市企業的反壟斷應訴工作。

（五）外商投資科。參與制定全市外商投資、服務外包的發展規劃；擬訂并組織實施外商投資、服務外包的政策和管理辦法；指導全市招商引資工作，組織開展重大招商活動；督促檢查外商投資企業執行有關法律法規和合同章程情況; 協助處理外商投資糾紛，承擔外資管理相關工作；指導外商投資企業的審批工作，承擔全市外商投資項目工作聯席會議的有關工作；牽頭外商投資企業的聯合年檢；指導協調外商投資企業參加貿易展銷會、洽談會等；指導開發區的招商引資工作；推動服務外包發展和平臺建設；承擔全市外商投資的統計和分析工作。

（六）對外經濟合作科。擬訂并執行全市對外經濟技術合作的發展規劃和政策措施；管理和監督全市對外承包工程、勞務合作、項目設計咨詢、對外援助等對外經濟合作業務；組織實施外經經營權資格年檢；負責全市對外承包工程、項目設計咨詢、對外投資等經濟合作的統計分析；負責指導境外投資發展工作；指導市內優勢產業到境外開展加工貿易、資源開發、設立工業園區、建立國際營銷網絡、開展跨國并購、設立專業市場及產品營銷展示中心；負責境外企業和機構的年檢、年審、信息服務和交流工作；協助處理境外經貿類糾紛。