根據上述職責，市對外貿易經濟合作局設8個內設機構：

（一）辦公室

負責文電處理督辦、綜合性會務、機要保密、檔案、政務公開等機關日常工作；承擔文秘、文印、宣傳報道、資產管理、接待、網站建設和后勤保障工作。

（二）規劃財務科

負責局機關內部財務管理。會同有關部門管理、監督和檢查有關專項資金的使用；會同有關部門貫徹、落實涉及外經貿的外匯、財稅、信貸、保險等政策和規章；制定外經貿中長期規劃和年度進出口指導性計劃，負責外貿業務統計及分析；負責指導直屬單位財會和內部審計工作。

（三）對外貿易管理科（市進出口公平貿易局、市機電產品進出口辦公室）

負責制定我市出口企業開拓國際（境外）市場規劃，指導和督促赴國（境）內外參加或舉辦展銷會、洽談會事項；推廣電子商務等新型貿易方式；負責進出口公平貿易的相關工作；依法辦理對外經營者備案登記、進出口許可證的初審、轉報、打證；負責機電出口產品技術更新和改造研發等項目申報、轉報。

（四）外資管理科

按管理權限，負責審批或轉報外商投資項目登記備案與合同、章程及其變更；負責核準鼓勵類外商投資項目確認書的發放；負責監督外商投資企業執行法律法規和合同、章程的情況，并協調解決有關問題；負責吸收外資統計工作及聯合年檢工作；負責組織實施有關服務貿易進出口及服務外包工作。

（五）加工貿易科

負責加工貿易宏觀管理；負責屬市管理權限的加工貿易或轉報省對外貿易經濟合作廳的加工貿易合同的審批、審核；負責外商投資企業涉及國家實行配額、許可證管理的進出口商品計劃的報批、組織實施；負責加工貿易業務統計工作；綜合協調和指導各類開發區的有關工作。

（六）對外經濟合作科

負責組織實施有關對外經濟合作和對外援助的發展規劃、相關政策和管理辦法；依法管理和監督境外投資、對外承包工程、對外勞務合作等業務；組織實施科技興貿戰略；承擔技術進出口和兩用物項審核上報工作。

（七）口岸管理科

負責組織實施國家、省有關口岸管理規定，擬訂口岸發展規劃和管理辦法；負責口岸開設、關閉、調整的審核上報工作；綜合協調和指導監督口岸管理機構的工作；負責組織開展口岸業務調研、統計工作和共建文明口岸活動；會同有關部門檢查并依法處理口岸重大涉外事件和嚴重違法違紀問題。

（八）人事科

負責局機關及指導直屬單位的干部人事管理、勞動工資、社會、醫療保險、培訓教育、因公（私）出國（境）政審報批、計劃生育、共青團、工會、婦女、老干部服務工作；負責黨務、紀檢監察和信訪工作；協調指導下屬國有外經貿企業的轉制、改革工作。