1992年12月21日，波蘭、匈牙利、捷克、斯洛伐克四國外長以協定的形 式決定：自1993年3月1日起，四國對機械、加工工業品和部分化工產品全部取消關稅，對其他工業品采取部分減免 關稅或取消數量限制。到2000年全部取消對工業品的貿易限制。對農產品貿易采取一定的保護措施，規定在兩年內減免20%、五年內減免50%的關稅。1994年11月25日，上述四國政府首腦在波蘭會晤，斯洛文尼亞 總理應邀出席。會議通過了關于加速貿易自由化的意向和向新成員開放的聲明，并決定提前一年，即在1998年前建成中歐自由貿易區，相互取消絕大部分工業品的關稅，統一商檢標準，并初步成立聯合清算銀行。會議還決定每年舉行一次成員國例行會晤。1995年1月，四國農業部長在華沙開會，商定自1996年1月1日起，成員國之間的農產品貿易減稅一半。今后成員國將在專家會談基礎上，在協定范圍內逐步減少并最終消除服務和資本流動領域中的障礙，使貿易自由化的趨勢進一步加強，并由自由貿易區逐漸變成中東歐國家共同市場。1995年8月， 斯洛文尼亞正式加入中歐自由貿易協定。1996年9月13-14日，成員國政府首腦會議在斯洛伐克舉行。會議主要討論自了上屆政府首腦會議以來協定的執行情況、統一產品產地規定和許可證制度等問題，就服務貿易自由化和資本自由流動交換了意見。會議還討論了接納新成員國和建立常設機構等問題。1997年4月，羅馬尼亞成為該協定的第6個成員國。1997年9月12-13日，成員國在斯洛文尼亞舉行首腦會議，保加利亞、克羅地亞、馬其頓、烏克蘭、立陶宛五國總理和拉脫維亞外長作為客人應邀與會。1998年7月，保加利亞正式加入該協定，成為第7個成員國。1998年9月11-12日，中歐自由貿易協定7國總理及經濟部長出席在布拉格舉行的年會。會議未能就開放農產品和食品市場達成一致意見，匈方在會上否決了斯洛伐克提出的在斯首都成立中歐自由貿易信息辦公室的建議。

1999年10月19-20日，中歐自由貿易協定組織在布達佩斯舉行會議，討論中歐各國經濟合作、共同發展和開通多瑙河航線等問題。會議簽署了一項聯合聲明，決定自2000年1月1日起，中東歐7國實現工業品自由貿易。

2000年11月15日，該組織七國總理在華沙會晤，討論了農產品自由貿易問題。

2001年10月，中歐自由貿易區7國首腦在 布達佩斯舉行 年會，就實行共同農業政策、農產品和食品貿易減稅、是否建立新的地區組織作為加入歐盟的過渡機構等問題進行了討論，會議決定由多邊協議向雙邊協議過渡，即各成員國之間可以進行雙邊會談，以解決彼此間的貿易爭端和分歧。會議還決定成立專門委員會負責區內各成員國經濟領域犯罪問題。